普通的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者斗争中丧命。在他濒死之际，竟然被神祕的忍者灵魂附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者终结者”，专门终结忍者，为了复仇而战！以近未来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的生死决斗揭开序幕.....
藤木户健二是一名办公室职员，他的妻子和孩子在一场忍者冲突中丧生。
就在他自己濒临死亡的时候，一个神秘的忍者灵魂附身了他。
幸存下来的藤木户成为了“忍者杀手”——杀死忍者的人，并投身于复仇的战斗中。
忍者杀手与忍者之间的殊死战斗在近未来的新埼玉市展开。
麻波的世界里没有救赎吗？奔跑吧，忍者杀手，奔跑吧！