田小班小时候的初恋对象艾莲娜·华力达（ElenaValadis）突然现身，请求小班帮她拯救她的父亲，没想到小班的爷爷田马克居然不肯出手相救。原来艾莲娜的父亲曾经背叛天工会，让马克耿耿於怀，但小班选择相信艾莲娜，因此和马克决裂。小班不顾其盟友Gwen（小玟)和Kevin(凯文）的强烈抗议，和神秘的朋友艾莲娜潜入组织，去调查并摧毁名叫alienswarm（异形群体，即外星蜂暴）的威胁。此时，由于外星活晶片附身于人体到处作乱，导致全球都出现了乱象，小班他们必须及时查明与怪晶片有关的一切，才能拯救全世界。
本·丁尼生 (Ben Tennyson )、格温·丁尼生 (Gwen Tennyson)和凯文·莱文 (Kevin Levin)与一群黑市经销商谈判，试图出售外星纳米芯片，这些芯片对 Omnitrix 造成干扰。其中一人透露自己是埃琳娜·维杜斯（Elena Validus），本和格温的儿时好友。埃琳娜解释说，她已经安排谈判来引诱本寻求他的帮助来寻找她被绑架的科学家父亲。当本同意帮助她时，芯片突然复活并攻击，并由走道上的一名男子控制。这群人与他们战斗，在此过程中，可疑男子和毒贩逃脱了。
虽然埃琳娜声称她对这次袭击不负有责任，但凯文和格温对她表示怀疑。在他们的总部，三人组与麦克斯爷爷一起研究了从战斗中抢救出来的一块芯片，发现它们是有机和技术组件的混合体。温跟随三人组，艾琳娜闯入，马克斯命令她离开，并解释说艾琳娜的父亲维克多·维杜斯是他的徒弟，在偷走了原来的筹码后被不光彩地开除。本拒绝相信埃琳娜像她的父亲一样，并与麦克斯和队友决裂来帮助她。麦克斯不在的时候，格温和凯文调查了维克多·维杜斯，并发现了麦克斯审问维克多的视频，视频中维克多坚称芯片背后的思维智能“蜂巢”即将接管地球，因为它们被发现是能够占有人。
与此同时，本和埃琳娜到达了维克多的旧实验室，该实验室已被蜂巢清理干净，他们在那里发现了维克多正在研究和升级芯片的证据。埃琳娜透露，她的父亲在失踪之前就变得情绪不稳定，并且不再回家。他似乎也是控制筹码的椽子上的人。一群暴民在芯片的控制下伏击了本和埃琳娜，迫使他们撤退。Omnitrix 再次受到芯片周围的干扰，阻止本变形，但本利用扫描功能暂时击退了怪物，让他和埃琳娜逃脱。他们前往 Ship-It 大楼进行进一步调查，尽管本对埃琳娜本人有些怀疑，意识到暴民希望他和埃琳娜前往实验室并为他们设置陷阱。
本发现了一张当天制作的订单单，埃琳娜声称维克多已经失踪数周了。到达大楼后，格温和凯文来不及阻止筹码的分发。相反，他们遇到了一名 Ship-It 员工，该员工也在芯片的控制之下。他召唤了另一个更大的碎片群，现在能够形成坚固的、可武器化的形状，攻击格温和凯文，在漫长的追逐中损坏了凯文的汽车。加入他们后，本使用Humongousaur击败了虫群，并在此过程中摧毁了凯文的汽车。当他们返回总部时，芯片已经遍布全球，数量达到数百万。
格温意识到蜂群的新能力表明它们能够适应威胁并变得更加聪明。该小组还推断芯片有一个女王，正如芯片的主人提到的那样。他们相信可以通过摧毁她来阻止芯片，但在他们的搜索过程中，麦克斯被附身了。该小组齐心协力，注意到虽然世界人口中心都受到了感染，但密苏里州的巴伦罗克的感染率最高，这在分布上存在明显的异常。该小组潜入了工厂，里面有包括麦克斯在内的多名感染者，他们发现女王感染了维克多，而他的尸体被用作蜂巢来快速批量生产芯片。由于担心在外星人形态下被芯片附身，本使用 Omnitrix 变身为一个新的外星人，他称之为“Nanomech ”，但在他变成它之前，他反而缩小为人类。然后他注意到前面凯文和格温的巨大脚。
Ben 意识到自己很小，几秒钟后最终变成了 Nanomech，它是通过扫描芯片的DNA创建的。他飞进维克多的脑袋并与女王战斗，而格温、凯文和埃琳娜则与感染者战斗。随着工厂中休眠的芯片被激活，纳诺科技利用芯片的适应能力压倒并摧毁了女王，将所有人从芯片的控制中解放出来。在向维克多道歉后，麦克斯决定退休，并将领导职位留给本，但本拒绝了，格温、凯文和埃琳娜开车回家。