史努比和它的朋友们坐船来到了神秘的百慕大三角洲，在那里，它们遇到了一系列诡异的事件，包括看到了由骷髅驾驶的幽灵船，并不幸受到了后者的炮轰……
在百慕大三角绘制星图时，天文制图师鲁珀特·加西亚的船遭到幽灵海盗的袭击。尽管他设法躲避他们，海盗们还是击沉了他的船，绑架了他的船员，让他在海上迷失了方向。
弗雷德正在招待神秘公司团伙，分享他的生日礼物：一次神秘游轮，以及他父母斯基普和佩吉的赞美。在准备船舶下水时，史酷比和夏吉遇到了一个看起来阴险的斗篷男子，两人确信他不怀好意。大家会见了超级邮轮总监桑尼·圣克劳德和船长克罗瑟斯船长。船长说他们要去百慕大三角，圣克劳德承诺会发生一些令人毛骨悚然的阴谋。接下来是由圣克劳德和克罗瑟斯船长上演的草率“谜团”蒙太奇，该团伙轻松解决了这个问题。这让其他客人很恼火，他们现在没有什么谜团需要解开。很快，他们救出了漂浮在海上的鲁珀特·加西亚，鲁珀特·加西亚向他们讲述了他与幽灵海盗的遭遇。这伙人自然认为这是另一个谜团的一个安排，而船员们则认为他是因为出海而产生了妄想。当一名穿着喷气背包的男子从空中出现并降落在甲板上时，他被带到了甲板下。他原来是比夫·威灵顿（Biff Wellington），一位英国亿万富翁，以爱开玩笑而古怪着称，他正试图创造杰克打包环球旅行的世界纪录。他也计划留在船上，直到可以补充燃料。
那天晚上，伙伴们参加了一场化装舞会晚宴。令人毛骨悚然的斗篷男子出现在舞台上，原来他是著名催眠师神秘先生。夏吉和史酷比被从观众中挑选出来展示他的力量，但事实证明他们对他的催眠术免疫：然而观众却陷入了恍惚状态。神秘客驱散了催眠，消失在一阵烟雾中。由臭胡子船长和他的大副沃利率领的幽灵海盗袭击了游轮并造成严重破坏，追逐游轮上的客人，但他们都神秘失踪了。斯基普和佩吉被绑架，海盗们撤回大帆船并离开（在击沉游轮后）。此时，这伙人意识到这是一个真正的谜团，他们和鲁珀特是受损船上仅存的人。
在鲁珀特的帮助下，他们沿着大帆船留下的发光踪迹到达了一个秘密港口。在那里，他们找到了鲁珀特的旧船，然后被幽灵海盗抓获，并把他们带上了大帆船。海盗们正在寻找一颗具有神秘力量的流星，据说这颗流星是三角力量的源泉，它在 200 年前落入三角区域，可以利用鲁珀特的古董画和他作为天文摄影师的技能来精确定位。这伙人与斯基普一起被绑在桅杆上，但周围没有其他游轮客人。
大帆船进入三角形的中心，并开始看到三角形中过去的幽灵：19 号航班、独眼巨人号航空母舰，甚至是一条海蛇。在此期间，这伙人设法逃脱并探索甲板下。他们发现了很多用来投影刚刚目睹的幽灵图像的现代设备。船进入了一个奇怪的岩石环，并拉起了流星，它发出金黄色的光。
该团伙随后设计了一个陷阱，但失败了。随后，海盗们试图重新抓获该团伙，从而出现了标志性的史酷比追逐场面，整个海盗船员都被史酷比和夏吉抓获。臭鼬队长被揭露为威灵顿，沃利被揭露为神秘客。其余的海盗原来是游轮上的客人、鲁珀特的船友以及海盗过去的征服者。威灵顿解释说，神秘客让他相信自己是多年前海盗的转世，并且可以使用流星传送回到过去。神秘客利用这个诡计让威灵顿资助寻找流星。船员们只是神秘客力量下的催眠受害者。神秘客的真正动机是流星本身是纯金的，他要偷它来让自己变得富有，
这时，火山反应袭来，这伙人推断出三角形的力量想要流星回来，所以他们把它扔回水中，弗雷德的一些驾驶险些让大帆船脱离了环，因为它崩溃了。海。游轮客人将大帆船用作大型派对船，返回迈阿密，将恶棍交给当局。