作品的男主角椿明本是都立风见台高中的一名普通的二年级生，但自从一位充满“谜”的转校生卜部美琴到来后，椿明的校园生活也变得不再普通了。卜部美琴是一个不会进行社交活动的孩子，她的兴趣是在上下课间的小休睡觉。但有一天，椿明却在她睡觉中叫醒了她，并不小心地舔了她的口水，而美琴也因此而喜欢上了椿明！！之后，椿明便开始了各种约会，每当椿明与美琴在一起，他便会越发现美琴的各种谜团，例如她的另一兴趣就是随身带着剪刀，剪下任何东西。
讲述主人公与拥有通过唾液传递感情的特殊能力、爱好是使用“剪刀”的不寻常高中二年级学生“神秘女友X”的恋爱故事的校园恋爱漫画。作品的主题是17岁这一微妙时期男女关系的不稳定，以及男性视角下女性情感的不可理解。标题中的“X”也来自于女主角所持剪刀的形状。[1] 每集的字幕都包含“谜”字 。
故事发生在虚构的东京风见台。虽然时间设定在“20XX”，但随着宝丽来相机的出现和手机的缺乏，作者高中时代的1980年代的气氛得到了强烈的体现，很难说这是2000年代或1980年代，营造出一种暧昧的气氛。虽然有樱花、暑假、学园祭、冬装等多种季节主题，但主角始终是17岁的高中二年级生，仿佛忽略了故事中时间的流逝。第0集《神秘女友》在第6集《神秘的暑假》中，第一次约会是8月31日，但在第16集《神秘的海滩》中，两人在浦部暑假回家后一起去游泳。另外，在第27集《神秘的夏天的问候》中，椿暑假回家后，两人一起去看烟火大会。主线剧情包括主角舔女主角的口水、通过唾液传递心理状态让女性互相舔口水、女主角右裤腰处始终藏着一把安全剪刀等主线剧情。这部作品充满了 男性恋物癖，比如女主人公裙子下不穿任何东西去上学[2] 。
与作者之前的作品不同，该作品没有任何玄幻元素，而是注重日常生活的表达，以高中生之间的爱情为主题。该作品原定为《梦使》的续作，讲述了继承了《古事记》中描述的神秘古老家族血统的少女与堕落的少年之间的传奇爱情故事。爱上了那个女孩。然而，编辑部问道：“男孩和女孩相遇的故事里有必要加入古事记传说那样的神秘元素吗？对于一个青春期的男孩来说，女孩仅仅因为是女孩就很神秘。很多年后历尽艰辛，一波三折，第0集《神秘女友X》诞生了。[ 3 ]