三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市，由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦 配音）和茵蒂克丝（井口裕香 配音）揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力，终于得到了试镜的机会，并有可能在恩底弥翁落成的庆祝活动中演唱。这一晚，当麻、茵蒂克丝和亚丽莎在夜归途中遭到史提尔率领的魔法师们的攻击。而学园都市秩序维持部队的介入，无疑标志着魔法侧和科学侧全面战争即将爆发。亚丽莎的体内究竟隐藏着怎样的力量和秘密…… 本片根据镰池和马（创作）、灰村清孝（插画）的轻小说改编。
《魔法禁书目录 剧场版 恩底弥翁的奇迹》是由J.C.STAFF制作的日本动画电影，于2013年2月23日在日本上映。该电影是《魔法禁书目录》系列的第一部剧场版。
故事的背景设定在学园都市，这是一个被高科技和魔法共存的城市。主人公上条当麻和少女-inverted-Elizabeth（简称“妹妹”）在学园都市参加了一次祭典，并被卷入了一场神秘的事件。这场事件的背后是一个名为恩底弥翁的魔法师，他试图使用祭典中的神器实现自己的计划。
电影中有许多熟悉的角色出现，包括魔法师科学、加藤惠、风斗雄大等等。此外，电影还引入了许多新的角色，如祭典的主办方阿克塞兰、妹妹的随从弗兰、恩底弥翁的手下巨大生物等。
在剧情方面，电影充满了紧张的战斗和充满感情的场景。特别是在最后的战斗中，上条当麻和妹妹之间的感情引起了观众的关注和共鸣。
总的来说，《魔法禁书目录 剧场版 恩底弥翁的奇迹》是一部非常精彩的动画电影，充满了惊险的情节和令人难忘的角色。