明熹宗朱由校天生喜欢做木工，一日为刻小像出宫寻找材料，路遇民间木工大赛，技艺出众的朱由校参加比赛，原冠军败北。朱由校用大赛奖品——一块千年沉香木雕出了一位脱俗的仙子。
备选秀女中有一位叫张嫣的女子竟与小像长得一模一样，朱由校惊为神示，他将张嫣立为皇后，另将奶妈客氏力荐的魏忠贤侄孙女魏婉洛立为妃子，引发了客氏的不满。
朱由校夺冠，惹怒了市井女混混张宝珠，张宝珠为给本应夺冠的自家兄弟打抱不平，处处与朱由校为难，甚至将出宫的朱由校绑架，最后朱由校蒙外地进京请愿的小县丞李光济援手才得以回宫。朱由校因此错过大婚，于是他将张宝珠弄进宫慢慢惩罚。
张嫣发现自己与天真的朱由校并没有太多共同语言，反而是与知书识礼的皇弟朱由检志趣相投。二人产生了微妙的感情，但发乎情止乎礼。朱由校派张嫣管教张宝珠，张宝珠过失之下伤到张嫣，太医检查发现张嫣怀孕了。客魏因此不安，他们暗中操作致使张嫣流产。张宝珠仍旧与朱由校做对，宫女楚楚给朱由校做木工打下手，引起了朱由校的注意。楚楚野心勃勃，为了寻找靠山，她与客氏一拍即合。
张嫣开始和进宫陪伴自己的表妹张婵一同寻找客魏加害自己的证据，在查证过程中，张嫣发现善良的魏婉洛在暗中帮助自己。客魏发现皇后并不简单，于是设计让皇帝病倒，并诬陷皇后得了传染病，妄图立楚楚而废皇后，但事情被朱由检揭发。立妃无望，楚楚假怀孕后流产。张宝珠醋意大发，赌气出宫，朱由校想尽办法将张宝珠哄回宫中，二人都对对方产生了情愫。
楚楚晋封贵人，张宝珠要求在宫中当女官，客氏强烈反对，朱由校带着张宝珠离宫出走，却在李光济的家乡发现了魏忠贤鱼肉百姓的实情。
朱由校对魏忠贤起了防备之心，此时云南黔国公带着妹妹前往京城受封，郡主看上了已经入朝为官的李光济。李光济获得爵位，成为朱由校的左膀右臂。
楚楚生子，客氏不惜毒害皇子嫁祸皇后。朱由检为皇后开脱，却被反咬与皇后私相授受。钦慕朱由检的张婵将客氏出示的证据揽到自己身上，朱由检也不得不娶张婵为妻。
河南蝗灾，魏忠贤勾结当地富商私吞官粮，朱由校用计查明案件后决定，放长线清除魏忠贤的全部党羽。
朱由校借口祭祖离宫，将朝中防务交于魏忠贤，意在引出魏党余孽，孰料魏忠贤识破后龟缩起来，东林党人杨涟为激魏忠贤行动反遭陷害牺牲。
客魏蓄意害死小皇子并且弄伤朱由校，之后以造反的罪名嫁祸给朱由检。危机一触即发，阉党和帝党正面交锋，张婵为了保护朱由检身亡，明白客魏祸心的楚楚在斗争中牺牲，魏婉洛也看清世情遁入空门。
朱由校本希望选择假死而将权力赋予朱由检和张嫣，自己则带着已加封为贵妃的张宝珠离宫做一对神仙伴侣。但关键时刻，朱由校用自己的牺牲，为被围困住的朱由检换来了希望。
朱由检度过险境登基之后，将一代巨奸正法。多年后，带着孩子隐于世的张宝珠，一直在等着朱由校回来…
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