《细菌浩劫》是Hal Barwood执导的科幻片，萨姆·沃特森和凯瑟琳·奎南出演，
该片讲述了 美国军方将一个细菌武器实验室伪装成农业科技实验室，秘密研究某种超级病菌的故事。
在一个以农药制造商为幌子的秘密军事实验室里，爆发了一种剧毒细菌。在日常工作中，密封管破裂，秘密生物武器被释放。工厂安全官员乔安妮·莫尔斯（Joanie Morse）检测到武器被释放后，启动了“一号协议”，该程序将工厂内的所有工人与外界隔离。
汤姆·施密特 (Tom Schmidt) 认为锁定的原因是泵故障，于是与另一名工人鲍勃 (Bob) 重新启动了泵。在多次无法联系到生物危害 P4 实验室中的尼尔森博士后，尼尔森博士联系了保安人员，确认了“协议一”，并建议保安人员打开保险箱并联系美国政府的事故遏制小组 USACT 进行处理问题。
当地县治安官卡尔·莫尔斯（Cal Morse）的妻子（安全官员）被困在里面，建议他保留前雇员丹·费尔柴尔德（Dan Fairchild）博士的帮助，丹·费尔柴尔德博士是一位众所周知的酒鬼，他发明了一种武器的解毒剂。维克·弗林特 (Vic Flint) 对儿子鲍勃 (Bob) 的隔离感到沮丧，他试图开枪闯入。卡尔担心有人被意外击中，当子弹从钢制防爆门上弹开时，卡尔没收了他的 0.357 马格南左轮手枪。
康纳利少校率领的美国行动队到达，建立了隔离程序（包括在“第一议定书”启动之前提前离开的 3 名工人；鲍勃的女友达娜就是其中之一）。影片拍摄期间，3 名工人被密封在塑料“气泡”内，但预计将在其中待 3 天。康纳利以实验酵母污染为幌子安抚公众，同时救援队进入设施取回解毒剂并将其分发给工作人员。
武器释放后，P4 实验室工作人员对该区域进行消毒，消灭实验动物，并给自己接种解毒剂。几个小时后，USACT 团队在 P4 实验室气闸附近的地板上找到了失去行动能力的尼尔森博士和他的团队。不久之后，他们注意到尸体消失了，气闸从内部被撞开，P4 工作人员拉梅什·卡普尔 (Ramesh Kapoor) 博士用消防斧毁坏了一个电源箱，导致建筑物内部停电。
尽管有“第一协议”隔离，但包括鲍勃、施密特和蒂皮特在内的一群工人相信自己没有受到影响，并希望离开。在工人们不知情的情况下，他们因 P4 气闸的破裂、绕过的泵使受污染的空气在整个建筑物内循环以及施密特的隐形眼镜用武器污染了建筑物而受到感染。安全官员销毁了包含解除锁定代码的纸片，但记住了该代码。该组织现在由蒂皮特领导，他们折磨她以获取代码，但一旦 USACT 侵入系统，该代码就会失效。
在大楼内，救援队遇到了这群工人。救援队命令这群人继续隔离；蒂皮特拒绝后被枪杀。其余的人被安置在一个房间里，等待救援队带着解毒剂返回时进行接种。
Fairchild 博士引导救援队进入一个空闲的服务管道，作为前往 P4 实验室的直接通道。救援队遇到了尼尔森博士。费尔柴尔德怀疑出了什么问题，于是指挥救援队撤退，留下尼尔森博士。救援队遭到 P4 工作人员的伏击和杀害，其中一名工作人员被卡普尔博士用消防斧杀害。尽管接种了疫苗，解毒剂却不起作用；由于受到武器的影响，所有被感染的工人都变成了愤怒、嗜血的杀人狂。他们思想清晰，但意图却很混乱，其中最著名的是尼尔森博士。根据费尔柴尔德博士回忆的历史，他们所看到的生物武器是由互相攻击致死的马匹尸体中发现的病毒合成的。
救援队死亡后，美国行动队启动了“第二号协议”，让所有员工等待武器的致命效果，然后对现场进行消毒。听到这个消息，卡尔敦促费尔柴尔德博士协助他取回解药，阻止传染病，并拯救他的妻子。当卡尔和费尔柴尔德博士进入该设施时，他们遇到了一名受感染的鲍勃，他手持消防斧。当他试图攻击时，他被卡尔开枪打死，卡尔手持他父亲维克·弗林特 (Vic Flint) 没收的 0.357 马格南左轮手枪。
随着大多数工人死于感染，施密特意识到乔安妮不知何故没有受到影响。他恳求她去 P4 实验室取回解药。当他们前进时，他们遇到了想要控制事件真相的尼尔森博士和想要杀死他们的卡普尔博士。他们使用灭火器逃脱了袭击，并乘电梯下降到 P4 实验室。
在 P4 实验室期间，施密特因感染去世。由于没有得到治疗，他在 P4 工作人员追捕他们时变得愤怒。乔安妮取回解药并逃跑，而施密特则攻击 P4 工作人员，扭断了卡普尔博士的脖子，然后被 P4 工作人员从窗户扔了出去并杀死。
在走廊里，乔安妮遇到了卡尔和费尔柴尔德。他们击退了一群攻击他们的工人，但撕破了费尔柴尔德的生化防护服，暴露了他。他们潜入 P4 实验室，想找出为什么乔安妮没有受到影响，而解毒剂却不起作用。测试发现她的血液中充满了雌激素、黄体酮和抗体；她怀孕了。当几名工人试图进入 P4 攻击三人时，他们被诱杀装置点燃。一名工人撕破了卡尔的生物防护服，然后被乔安妮向她扔燃烧弹点燃。
在因感染而丧失行动能力之前，费尔柴尔德博士将一种新解毒剂的配方输入到附近的计算机中：1份激素、2份解毒剂和1/2份氯嗪（使患者在其他药物生效时入睡）。他们用仙童作为实验对象，在他身上尝试了新的基于激素的解毒剂；有用。
卡尔和费尔柴尔德配备了新的手枪——接种注射枪，前往自助餐厅，工人们发现一群人被密封在里面，因此没有受到病毒的影响。卡尔和费尔柴尔德给受感染的工人接种了疫苗，这些工人开始攻击他们，而乔安妮则在大楼的净化系统中服用了一批新的解毒剂。尼尔森博士拒绝注射，逃回 P4 实验室。为了庆祝他们的成功，仙童公司展示了他们的新解毒剂作品。意识到自己的失败后，尼尔森博士带着卡尔留下的 0.357 马格南左轮手枪自杀了。
乔安妮成功找到了净化系统。她在整个大楼内使用新的解毒剂，消除武器并治疗吸入雾化解毒剂的工人。在确认感染水平下降后，乔安妮停用了“第一号协议”隔离区，费尔柴尔德为卡尔接种了疫苗，使他失去了知觉。
危机结束后，USACT 疏散了受害者，找回了死者，封锁了大楼，并祝贺 Fairchild 博士的成功和援助。醒来后，卡尔在入口处钉了一个“违禁建筑：请勿进入”的牌子。费尔柴尔德博士邀请卡尔和乔安妮回到他家吃早餐——西葫芦煎饼和转基因玉米棒。