哈利波特是一个孤儿，从小寄养在姨妈家，受尽欺凌。但就在哈利11岁生日的时候，他意外收到了霍格沃茨学院的入学通知书。哈利从该学院派来接他的巨人海格口中得知，这是一间魔法学院，并得知了自己的身世，原来哈利的父母都是伟大的魔法师，在对付伏地魔的战斗中双双献身，唯有哈利幸免于难。
哈利进入霍格沃茨后，表现出了超乎想象的飞行天赋，得到麦格教授的推荐进入了格兰芬多的魁地奇球队。另一方面，哈利发现霍格沃茨学院内有一股黑暗势力似乎在暗暗滋长，揭开谜团的关键就在有凶恶的三头犬守护的房间内。
哈利、罗恩和赫敏三个好朋友决定探个究竟。
一天深夜，霍格沃茨魔法学校的教授阿不思·邓布利多和米勒娃·麦格，以及场地管理员鲁伯·海格，将一名名叫哈利·波特的麻瓜叔叔、佩妮·德思礼和他唯一在世的亲戚、麻瓜阿姨和叔叔佩妮·德思 礼和弗农·德思礼送给了一位名叫哈利·波特的孤儿巫师。
十年后，就在哈利十一岁生日之前，猫头鹰开始送信给他。当虐待狂的德思礼一家坚决拒绝让哈利打开任何东西并逃到岛上的小屋时，海格亲自将哈利的录取通知书交给霍格沃茨。海格还透露，哈利的父母詹姆斯和莉莉是被一个名叫伏地魔的黑巫师杀害的。伏地魔对哈利施放的杀戮咒反弹了，摧毁了伏地魔的身体，并给哈利留下了闪电般的伤疤。海格随后带哈利去对角巷购买学习用品，并给了他一只宠物雪鸮，他给它取名为海德薇。哈利买了一根与伏地魔自己的魔杖相连的魔杖。
在国王十字车站，哈利登上霍格沃茨特快列车，并在旅途中遇到了同学罗恩·韦斯莱和赫敏·格兰杰。到达霍格沃茨后，哈利还遇到了来自富裕巫师家庭的德拉科·马尔福；两人立即形成了竞争关系。学生们聚集在礼堂，分院帽将一年级新生分入四个学院：格兰芬多、赫奇帕奇、拉文克劳和斯莱特林。哈利与罗恩和赫敏一起被分入格兰芬多，而德拉科则被分入以黑巫师闻名的斯莱特林学院。
在学习魔法的过程中，哈利对他的父母和伏地魔有了更多的了解，而他飞天扫帚的天赋使他成为格兰芬多魁地奇球队一个世纪以来最年轻的找球手。在返回格兰芬多公共休息室时，楼梯改变了路径，将哈利、罗恩和赫敏带到了禁止学生进入的三楼。在那里他们发现了一只巨大的三头狗，名叫蓬松。万圣节那天，罗恩在赫敏在魔咒课上炫耀后侮辱了她；她心烦意乱，整个下午都在女厕所里哭泣。那天晚上，一个巨大的掠夺巨魔进入其中，但哈利和罗恩救了赫敏，赫敏声称自己去寻找巨怪，承担了这起事件的责任，三人重归于好并成为亲密朋友。
三人发现毛毛正在看守点金石，这是一种神奇的物品，可以点金成金并生产长生不老药。哈利怀疑魔药课老师兼斯莱特林学院院长西弗勒斯·斯内普想要这块石头让伏地魔恢复肉身。当海格无意中透露音乐让毛毛睡着时，哈利、罗恩和赫敏决定先于斯内普找到石头。毛茸茸已经睡着了，但三人组还面临着其他障碍，包括一种名为“魔鬼网”的致命植物、一个充满攻击性飞行钥匙的房间，以及一个击倒罗恩的巨型国际象棋游戏。
克服障碍后，哈利遇到了想要石头的黑魔法防御术老师奎里纳斯·奇洛；斯内普已经明白了这一点并一直在保护哈利。奇洛摘下头巾，露出了一个虚弱的伏地魔住在他的后脑勺上。邓布利多的保护魔法使这块石头落入哈利手中。伏地魔试图与哈利讨价还价，以复活他的父母，但哈利识破了他的诡计并拒绝了。奇洛试图杀死哈利。当哈利触摸奇洛的皮肤时，奇洛就会被灼伤，把他化为灰烬。伏地魔的灵魂从堆中升起并逃脱，当它穿过哈利时将其击倒。
哈利在学校医务室康复。邓布利多告诉他，为了防止滥用，石头已经被销毁，罗恩和赫敏很安全。他还揭示了哈利如何击败奇洛：当莉莉为拯救哈利而死时，针对伏地魔的基于爱的保护被置于他身上。在学年末的盛宴上，哈利、罗恩和赫敏因其英雄行为而获得了额外的学院积分，与格兰芬多与斯莱特林并列第一；随后，邓布利多向他们的室友纳威·隆巴顿奖励了 10 分，因为他有勇气勇敢地面对三人组，格兰芬多因此获得了学院杯。哈利暑假回到德思礼一家，很高兴终于在霍格沃茨有了一个真正的家。