《Stargate：Continuum》是《Stargate:SG-1》的大结局，主要讲述Ba’al通过时间旅行回到过去，妄想阻止星际之门项目的诞生，而SG1则必须设法恢复历史的本来面目，并与Ba’al进行最终的对抗...
SG-1 和杰克·奥尼尔参加了为巴尔（ Goa'uld系统最后一位领主）举行的托克拉提取仪式。然而，巴尔声称他只是最后一个克隆人，真正的巴尔有一个自动防故障计划。真正的巴尔回到 1939 年的地球并屠杀了阿喀琉斯号的船员，这艘船将星际之门运送到美国。阿喀琉斯号的船长活得足够长，可以将巴尔留在船上的炸弹投下，从而避免船只被摧毁。现在，人和物体开始消失，包括Vala Mal Doran和Teal'c 。杰克被克隆人杀死，但萨曼莎·卡特、丹尼尔·杰克逊和卡梅伦·米切尔到达了星际之门。他们惊讶地出现在被遗弃的阿基里斯号内，该阿基里斯号已经漂流到了北极——巴尔的行为创造了一条星际之门计划从未发生过的时间线。从下沉的阿喀琉斯逃脱后，他们被杰克·奥尼尔上校率领的团队救起。虽然兰德里将军相信他们的故事（经过密集审讯），但他们被拒绝更改时间线。在另一条时间线中，丹尼尔仍在试图让人们相信他的金字塔理论，卡特在航天飞机事故中丧生，而米切尔根本不存在，因为他的祖父是阿基里斯船长。三人被当局强迫分居，彼此之间不准接触。
一年过去了，当 Goa'uld 侦察舰出现时，SG-1 被召回行动。巴尔已经将其他系统领主置于他的控制之下，现在准备征服地球，而Qetesh仍然居住在 Vala 的体内，作为他的女王，而 Teal'c 则作为他的第一主宰。SG-1 被带到亨利·海耶斯总统和乔治·哈蒙德将军那里，他们通知他们，根据 SG-1 的叙述，他们已经恢复了南极星门，并正在挖掘南极古代前哨站，以找到在原始时间线中拯救地球的武器。SG-1 与F-15一起被送往麦克默多站，前往普罗克拉什·陶纳斯 (Proclarush Taonas)的登机口，另一个古代前哨站，取回零点模块为南极前哨站供电。
在地球上空，巴尔的舰队抵达。令他的下属——其他系统领主——感到不满的是，巴尔宣布他将相对宽容地对待塔乌里人。奎特什怀疑巴尔对地球的了解透彻，因此背叛了他并强迫他告诉她一切。她以巴尔的名义下令摧毁麦克默多和远古前哨站，但当蒂尔克发现她的所作所为时，她杀死了巴尔。当蒂尔克逃往阿尔凯什时，奎特什命令舰队轰炸地球，而她则前往保护巴尔的时间机器。
当戈阿乌尔德人摧毁南极星门时，SG-1 改道前往俄罗斯，因为俄罗斯人从海底取回了阿喀琉斯星门。蒂尔克也到达了该设施，试图利用星际之门在奎特什之前到达时间机器。双方同意休战并使用巴尔的时间机器：一台连接到数百颗卫星的地下超级计算机，这些卫星监测来自可能与虫洞相交的各种恒星的太阳耀斑由星际之门创造；耀斑是时间旅行所必需的。SG-1 必须等待正确的信号弹才能到达正确的时间，但当 Qetesh 的部队发起进攻时，他们被迫将星际之门拨到 1929 年——比他们期望的目标日期早了十年。山姆和丹尼尔在交火中丧生，只有米切尔穿过星门。受了致命伤的蒂尔克引爆了自己和奎特什。经过十年的等待，米切尔偷偷登上了阿喀琉斯号，并在巴尔和他的部队通过星门登船时杀死了他们。
在现在恢复的时间线中，SG-1完全不知道之前的事件，看着撤离过程平安无事。在地球上，丹尼尔想知道巴尔所说的自动防故障装置是什么意思。