故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
故事背景设定在神世纪300年，这是一个充满神秘和不可思议的时代。主人公结城友奈是一名初中二年级的学生，她过着与许多朋友一同上课、参加社团活动和玩耍的平凡生活。表面上看，她的生活与其他孩子并无二致，但有一个决定性的不同之处，那就是她所属的社团活动——名为"勇者部"。
勇者部是一个特殊的社团，以部长犬吠埼风为中心，成员们与一个被称为Vertex的神秘存在有关。Vertex是一种不可思议的存在，似乎来自一个未知的世界，并威胁着人类的安全。勇者部的使命是保护人类免受Vertex的侵害。
友奈和其他勇者部的成员一起，积极参与社团活动，为了保护人类和世界而努力。他们经常进行训练，提升自己的战斗技能和团队合作能力。同时，他们也要应对各种意想不到的挑战和危险，与Vertex进行激烈的战斗。
在友奈等人的努力下，勇者部逐渐揭开了Vertex的谜团，并发现了更加复杂的真相。他们逐渐了解到Vertex的背后隐藏着更大的阴谋和威胁，他们必须冒着生命危险，与这个神秘的敌人作斗争。
友奈作为主人公，展现出了坚强、勇敢和无私的品质。她在战斗中经历了艰难的抉择和牺牲，但始终坚持着保护人类的信念。她与其他勇者部的成员一起经历了许多困难和磨砺，建立起深厚的友谊和信任。
故事中穿插了友奈和其他角色的成长与变化，他们不仅在战斗中成为了更强大的勇者，也在面对人性的考验和情感的纠葛中成长。他们面对着自己内心的矛盾和痛苦，同时也感受到了生命的意义和珍贵。