李丽雅与杨娜同为警花，执行任务后两人结伴前往菲律宾渡假，丽雅顺道探望表哥洪奔，并得到盛情招待。两人正享受美丽的菲岛风情，却突然接到香港上司来电，吩咐二人暗中调查有关港菲之军火集团暗中交易的勾当。在一次行动中，两人识得菲警探艾迪。随着调查深入，两人才知道洪奔是菲岛五大军火走私商之一，且与其妹罗娃心狠手辣，为垄断市场大开杀戒，由于三人破坏洪奔之交易行动，遭洪奔不断暗杀，经过连串枪战，爆破及拼命搏击后，三人终于逢凶化吉，并最终擒拿洪奔！
《轰天密令》中枪战、动作、特技、义气，是影片最主要的元素，也是20世纪90年代香港警匪片的主要内容。在警与匪的较量中，导演糅合了诙谐搞笑的“调料”，使得影片的观影效果轻松了许多。
版本一
蛇口公安局接香港警察局通知，香港涉及军火走私的要犯黄亨利潜来蛇口。经查，黄犯落脚蛇口野马卡拉OK厅，公安局派女警官杨娜带队搜捕，但被狡猾的黄犯溜走。黄亨利在马尼拉出现了，蛇口公安局派杨娜前往马尼拉，与香港女督察李丽雅协作，捉拿黄犯归案。李丽雅表哥洪奔在马尼拉做生意，二人前往投奔。洪奔做的实际上是军火走私生意。在洪奔住处附近游玩时，二人发现洪奔的手下与人进行非法枪支交易，上前制止，发生一场恶斗，买主陈代兄弟被杀死。刑警艾迪不问情由将二人铐起送往警察局。在警察局，局长冼华已得到通报，他派艾迪协助二人工作。洪奔很恼怒，派杀手截杀杨娜和李丽雅。为了安全，艾迪安排二人转移住处。黄亨利出现了，他和马尼拉军火走私商魔鬼利商谈5000万元的军火走私生意。所有走私军火的团伙都对这笔生意眼红。洪奔策划，一方面对付警方，一方面布置手下把与黄亨利交易的团伙逐一消灭。艾迪回家给女儿过生日途中遭杀手截杀。与此同时，与黄有接触的魔鬼利、郭氏兄弟等相继被洪奔消灭，但他的交易在刑警打击下损失惨重，手下打手相继毙命。洪奔恼羞成怒，命妹妹莎拉绑架了艾迪的女儿，打伤他的岳母，引出艾迪，将艾迪抓去。杨娜、李丽雅奋勇去救，但为时已晚，只救出祖孙二人，艾迪遭歹徒残酷折磨和吊打。半夜，在洪奔手下卧底的狄雄打死看守，把艾迪解救出来自己又离去。正巧杨娜和李丽雅等赶来，救走了艾迪。洪奔和黄亨利的交易已成，他指挥手下装货。狄雄在与警察局联系时不慎露出马脚，遭到毒打。这时，杨娜、李丽雅、艾迪带刑警来到，在军人的帮助下把歹徒包围。一场激战，洪奔、莎拉被打死，歹徒被一网打尽。狄雄为掩护艾迪牺牲。黄亨利被捉拿归案。
版本二
李丽雅与杨娜同为警花，执行任务后两人结伴前往菲律宾度假，丽雅顺道探望表哥洪奔，并得到盛情招待。两人正享受美丽的菲岛风情，却突然接到香港上司来电，吩咐二人暗中调查有关港菲之军火集团暗中交易的勾当。在一次行动中，两人识得菲。警探艾迪随着调查深入，两人才知道洪奔是菲岛五大军火走私商之一，且与其妹罗娃心狠手辣，为垄断市场大开杀戒，由于三人破坏洪奔之交易行动，遭洪奔不断暗杀，经过连串枪战，爆破及拼命搏击后，三人终于逢凶化吉，并最终擒拿洪奔！