时为明朝末年，奸佞当道，世间离乱。强梁啸聚的锦衣卫雄霸一时，无奈江湖上少林中人扶危济贫，匡扶正义，令锦衣卫头目王澄（俞大陆 饰）恨之入骨。为此，他想出一条毒计，命得力手下祁天远（于荣光 饰）化名金光寺僧人了空，伺机潜入少林，图谋成为主持以号令天下。少林弟子惠能（徐向东 饰）得悉王澄阴谋，星夜赶回少林，途中在草原帮助少女林英（林秋萍 饰）一家勇拦惊马。与此同时，王澄率锦衣卫进入少林，逼迫住持圆慧让位祁天远。祁与圆慧比武，暗下毒手。关键时刻惠能及时赶到，并从住持手中得到象征少林正法的木棉袈裟。为有朝一日复兴少林，惠能保护袈裟遁走，而祁等紧追不舍。 正邪对抗的千古传奇由此流传……
木棉袈裟是少林寺达摩祖师遗留下来的一件圣服，历经几任主持代代相传，成为少林寺主持权利的象征和身份的信物。
明朝末年，奸臣当道、东厂篡权。连年的饥荒已使中原大地饿殍遍野，民不聊生。锦衣掌管大臣王澄却不顾百姓的死活，仍然横征暴敛，逼得各地百姓纷纷打出少林真传武士的旗号与王澄对抗。王澄对少林寺本来就恨之入骨，看着不少的百姓不仅纷纷跑道少林寺躲避，而且还打着少林寺的旗号和自己作对，于是召来杀手祁天远，令他去少林寺掠取木棉袈裟，并许诺，成功之后由他接任主持之职。
祁天远（于荣光饰）本是一名被武当山逐出师门的道士，他凭着从武当山学来的武当拳术，无恶不作、败坏武当师门。在王澄（俞大陆饰）的授意下，他化名了空大师，伙同锦衣卫打手，闯进少林寺大开杀戒，逼迫圆慧大师交出木棉袈裟，让出主持之位。少林武僧毫无防备，终因寡不敌众，死伤大半；圆慧大师也身受重伤，不得已退至藏经阁。外出的大弟子慧能赶回寺院时，寺院已被祁天远完全控制。为了保存实力、保住木棉袈裟不被奸人夺走，圆慧（杨永才饰）命慧能、慧慈（徐芳毅饰）带着幸存的少林弟子杀出重围，将袈裟送往法华寺，交圆秀师叔收藏，自己则自焚身亡。
慧能（徐向东饰）带着一班少林弟子经过一翻血战后，终于冲出少林寺。可不料在前往法华寺的途中遭到祁天远及锦衣卫的追杀。撕杀中，慧能受伤跳下悬崖，被路过的贩马主林苍伯救起。祈天远一路穷追不舍，林苍伯为救慧能也惨遭杀害。慧能与林苍伯（道尔基饰）的女儿林樱（林秋萍饰）历尽千辛万苦，终于从魔掌中逃出重围，被武当山云玩真人搭救。而带着袈裟的慧慈在与锦衣卫的搏斗中也不幸身亡。袈裟落入祁天远之手，在王澄的指使下，祁天远准备就任了少林寺的主持。
慧能与林樱在武当山跟随云玩真人练就了破祁天远的绝世武功后，重返少林。就在钟鼓齐鸣，祁天远准备披上木棉袈裟接任主持之际，慧能出现在大雄高殿。在林樱及武当道士的帮助下，一场恶战后，慧能终于化解了祁天远的绝招，打死祁天远，赶走了朝廷的锦衣卫，重新夺回木棉袈裟。慧能披上了木棉袈裟，被全寺寺僧推为少林寺第二十八代主持