宋末年间蒙古人欲统治中原，派出武功高强将军到少林寺以作窥探少林寺是否反之势力，事后得方丈证实不参与政事而离开。及后有一青年为偷元军师印而伤，逃到少林寺中逃避追杀事后元军得识大举追杀，那少年亦剃发出家僧人，在少林寺中遇到一名醉癫和尚，学到一身好功夫。亦在元军侵占少林寺时大显身手把元将军杀掉。
北宋靖康二年，金兵攻下京师汴梁（河南开封），将出城议和的宋徽宗、宋钦宗二帝拘押，大宋玉玺从此落入金兵之手。时价岳飞在朱仙镇大北金兵，金国楚将军为阻止三千少林武僧投靠岳家军，威胁嵩山少林寺掌管住持封寺。嵩山少林寺掌管住持同心专心向佛，在力劝金国楚将军为两国庶民着想鸣锣收兵的还，容许楚将军少林寺封寺半年。大宋玉玺落入金国之手后，岳飞的手下就从未中止过夺玺举动，得力部将万云龙因勇夺玉玺身负重伤。万云龙在嵩山脚下得宗泽大人的老摆设白家姑娘解救，白家不吝牺牲全家十几口人的人命救下万云龙，白姑娘带着万云龙投靠嵩山少林寺。少林寺掌管住持治好万云龙的刀伤，为少林寺平安着想，将白姑娘和万云龙“请”出少林寺外。嵩山脚下就是金国楚将军的大营，为了到手的玉玺的平安，万云龙剃度为僧，留在少林寺苦练少林功夫。经由半年的涵养与苦练，万云龙自认为能替白姑娘家报仇，向少林寺掌管住持请辞。掌管住持说全寺能打过金国楚将军的，就是寺外罗汉洞的疯师傅，劝万云龙进洞拜疯师傅为师。万云龙摸进罗汉洞，亲眼目击疯师傅的特殊武功。隐居罗汉洞十年不曾外出的疯师傅发现万云龙拜师学武的真实目标，将万云龙踢回少林寺。万云龙回到少林寺，朝廷官员汤将军来访，带来白姑娘遭金国楚将军挟持的音讯。万云龙下山营救白姑娘，身陷金兵重围，幸得华夏72路绿林英雄解救，捡了一条人命重回少林寺。重回少林寺的万云龙给少林寺带来费事，金兵楚将军率兵闯进少林寺大张挞伐，强制少林寺掌管住持交出万云龙，交出大宋玉玺。少林掌管住持痛斥金国楚将军，早已私自归顺金兵的朝廷高官汤将军却将万云龙和白姑娘送入金兵之手。万云龙和白姑娘四面楚歌，少林十二棍僧实时赶到，联手杀退金兵，将万云龙救回少林寺。金兵楚将军以白姑娘为人质，闯进少林寺强制万云龙交出玉玺后自刎。白姑娘割喉自杀，这点着了万云龙心中的怒火，更激起少林武僧的民族义愤。民族大义面前，少林掌管住持带领十二棍僧联手万云龙杀向金兵。一场苦战后，万云龙和少林十二棍僧杀失落金国楚将军及其手下，重振少林寺十三棍僧雄风，投靠岳家军而去。