冒险家本•盖茨（尼古拉斯•凯奇饰）是次要挑战更艰难的探险寻宝之旅。美国第16任总统亚伯拉罕•林肯之死一直是美国历史上的一宗悬案，据调查，凶手约翰•沃克斯•布斯实际是受人唆使犯下惊天命案。盖茨参加一次公开演讲，台下的一位叫米奇•威尔金森（艾德•哈里斯饰）的男子宣称，盖茨的祖父与林肯之死有千丝万缕的联系。于是盖茨开始调查约翰•布斯相关的线索，发现一本叫“国家密宗”的书，是解答一切问题的关键。但国家密宗只有美国总统本人知道其所在，为了探寻真相，盖茨不惜铤而走险，绑架总统。
在上一集故事中，寻宝专家本·盖茨终于解开了《独立宣言》的宝藏之谜，不但赢得了美人的芳心，还得到了国家馈赠的巨额奖金。志得意满的本也遇到了那么点小麻烦，由于他致力于全世界地游荡，就为了挖掘出被隐藏起来的历史和宝藏，然而本的女友阿比盖尔·蔡斯却以保护一切与历史有关的遗迹为己任，两人之间的分歧越来越大，已经演变成了无休止的争吵之后的阶段性冷战，本甚至收拾行囊，离开两人的爱巢，搬到父亲帕特里克那里去暂住了。
亚伯拉罕·林肯的死一直以来都是美国历史上最惨重的损失，虽然凶手约翰·沃克斯·布斯随即被揪了出来，可是在他住所搜到的日记却无端地少了18页，为本来已经明了的案情平添一层神秘的面纱。最让人百思不得其解的是100多年后，18页失踪的日记其中的一页却突然现身，学者杰布·威尔金森对其中一些暧昧不明的说词解释为暗杀信息，不幸的是，这页日记中所有的一切，似乎都在指明一个事实，那就是本的曾曾祖父很可能是林肯刺杀一案背后真正的策划与主谋，盖茨家显赫的声誉蒙上了一层阴影。
为了证明自己的祖先当时只是在解码一个藏宝图，而非谋杀总统，本找来正与国税局纠缠不清的老搭档赖利·普尔，联同父亲帕特里克和互相看不顺眼的女友阿比盖尔，一起去寻找传说中的那座“金城”，用事实来还给他的曾曾祖父一个清白。然而线索太多也太分散，将他们从巴黎带到伦敦，甚至还潜入位于白金汉宫的女王私人起居室。不过他们最后重新又回来了美国，那个一切开始的地方，本甚至不惜绑架总统，只为了去看看只有总统本人才能翻看、记录的“秘密之书”。
最糟糕的是本还惊动了他的母亲艾米丽，一位著名的古英语学者，而艾米丽在32年前与帕特里克就寻宝的侧重点发生了激烈的争吵之后，就再没有说过一句话。这场同样充满了惊险刺激的旅程，不但帮助本和他的同伴们追踪到了他们想知道的事实真相，还发现了这个世界上最珍贵的秘密遗迹 [