故事主轴以马雅人的2012/12/21末日预言贯穿。末日不如预言发生，但是贪婪的人类对自然和社会的无度需索，予取予求，终于有一天新能源厂事故，造就人类自食恶果，文明毁灭。以小男孩找到一把吉他作故事的开端，和爷爷在人类亲手造成的末日前夕相逢。爷爷想着自己不会弹吉他而错过了某些人生与爱情，打电话给过去的自己，希望改变这个过去的事实，进而改变生命，让走到末路的人类文明起死回生。“诺亚方舟”演唱会共以五大主题串联，从“末日：2012不是预言”、“留恋：时光静止的那一年”、“笑忘：如果还有明天”、“第一天：追寻第二人生”到“未来：美丽乌托邦”，其中呈现了逼真末日景象，包括仿佛沉睡海底等待启航的深海逃生舱，加上不断出现火山爆发、陨石撞击和龙卷风来袭的末日异象。这一切都旨在把大家对于末日的恐惧在一瞬间全部逼迫出来，同时五月天更要带领观众抛开恐惧和悲伤，用欢乐与音乐享受末日前夕的最后一夜。如果2012年玛雅末世预言成真，在这看似最后倒数的生命关头，我们该如何面对我们各自的人生？如果最后末日没有到来，你就有机会选择你的“第二人生”！
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