时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。 在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球， 与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。 在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
公元2202年，宇宙战舰大和号前往依斯干达，已经过去三年了。帝国之星加特兰蒂斯带着巨大的白色彗星在太空中前进，为了寻找女神特蕾莎的力量而入侵泰尔扎特星。当时，大帝佐德得知特蕾莎的宇宙波正前往地球，开始对地球进行全面入侵。
另一方面，恢复了往日蓝色面貌的地球，与加米拉斯帝国缔结了和平条约，正在进行，重建高台进和前大和号船员对这种态度表示怀疑。 。
然后，特蕾莎的信息从宇宙的另一边到达了前大和号船员的手中。另外，高大得知了宇宙逆转系统给地球带来的名为“时间故障”的负面遗产的存在，对地球联邦政府的政策感到愤怒，决定在未经大和允许的情况下与前者一起前往泰勒扎特。大和号船员，决心反抗。放手吧。遭到自卫队的挫败，却因与加米拉斯的谈判而被斥为叛国罪的大和号，将加米拉斯驻扎在地球的军官克劳斯·基曼加入到自己的船员中，再次出发前往泰勒扎特。
在经历了戴斯勒的、与活着的斯特拉瓦斯星球上高台与加特兰蒂斯的战斗第十一行星 特蕾莎宣布，获得了古代阿赫利亚文明遗产白色彗星的加特兰蒂斯正试图消灭宇宙中的所有生命。
此后，地球与加特兰蒂斯之间的全面战斗在太阳系展开，但地球舰队被白色彗星和潜伏在其中的城市帝国击溃。回到太阳系，面对城市帝国的大和，也陷入了加特兰蒂斯的阴谋，坠毁在城市帝国内部的某颗星球上。然而，那颗星球是加特兰蒂斯的诞生地“Zemria”，加特兰蒂斯和Zorder的起源以及毁灭加特兰蒂斯的安全装置“傀儡”的存在都在这里被揭露。因地球与加米拉斯联合舰队的活动而逃离城邦帝国的大和号，经过修复和临时整修，再次面临与城邦帝国的最后一战。
大和半毁掉了地球圈的都市帝国，佐达尔激活了魔像，歼灭了加特兰蒂斯，“毁灭方舟”出动毁灭地球。做出了如此多牺牲的大和号，根本无法抵抗它的狂怒，连月亮都被切割了。意识到自己的失败，高大意识到他想为地球人的逃跑争取时间。大和号在 中受到攻击，但大和号从半年后，由于特蕾莎居住在失控的波浪引擎中，造成了时间故障。幸存于时间流动停滞的高维世界的高大和由希，最终被以时间断层为代价出现的大和一行人救起，并一起返回地球。