《第三波》讲述了欧洲被一种僵尸病毒肆虐了六年之后，终于找到了可以让僵尸变回正常人的“解药”。但是康复的这些人并不被社会所接受，家人亲属排斥他们，政府也严格管控他们。在愤怒、内疚、恐惧的百感交集下，一些“康复了的僵尸”开始进行恐怖活动，社会又一次陷入了动荡。药治得了病，却治不了人心。
一种名为“迷宫病毒”的瘟疫此前曾席卷欧洲，将受害者变成了杀人如丧尸的状态。爱尔兰受到的影响尤其严重。后来发现了治疗方法，75％的可能被捕获的感染者已经接受治疗并治愈了病毒。剩下的 25% 已被证明对治疗有抵抗力。这两个群体被称为“治愈者”和“抵抗者”。尽管公众担心让抵抗者活着可能会导致另一次疫情爆发，但抵抗者仍然被囚禁。
塞南和康纳是一起被拘留的治愈患者。他们的“康复官”坎托中士对治愈者能够在没有进一步暴力的情况下重新融入社会几乎不抱信心，并对他们充满敌意。塞南与他的嫂子艾比团聚，艾比有一个年幼的儿子希里安。艾比问塞南，她的丈夫卢克（塞南的弟弟）怎么样了，卢克仍然失踪。塞南声称对自己的命运一无所知，尽管在塞南的许多回忆中，康纳在艾比仍然居住的房子里感染了塞南，然后塞南杀死了卢克。治愈者对他们在感染期间所做的事情有详细的记忆；他们中的许多人患有创伤后应激障碍。康纳曾是一名有政治抱负的律师，但他找不到工作，并因其感染期间的行为而受到家人的回避。他组织了一个名为“治愈者联盟”的地下运动，旨在恢复治愈者失去的公民自由。
尽管一位著名病毒学家声称针对耐药者的更好疫苗即将研发出来，但政府仍计划对 25%（5,000 名患者）对该疫苗产生耐药性的人实施安乐死。塞南在抵抗者所在的医院找到了一份工作，并观察到他们没有表现出攻击治愈者的兴趣。这是社区中政治紧张局势的一个根源，因为从未感染过的人大声怀疑治愈者希望看到迷宫病毒再次爆发，因为他们在很大程度上不会受到其影响。
康纳试图招募塞南加入治愈联盟。塞南最初拒绝，但在经历了社会对治愈者的敌意后，他参加了该组织的纵火任务。康纳声称目标是无人居住的房屋，但一名士兵被杀，坎托怀疑塞南和康纳。坎托来到艾比家里，告诉她感染者以某种心灵感应的方式联系在一起，并且像掠食性动物一样结成群体。他认为疫苗并没有消除掠夺性特征，治愈者仍然很危险。他给艾比看了一张康纳和塞南被感染时一起散步的照片。照片中康纳似乎正在带领塞南实施谋杀行为。康纳后来接近艾比，
艾比与塞南对峙并将他赶了出去。塞南意识到康纳对于自己过去所做的事情以及现在仍在做的事情没有任何悔意。在康纳大声承认纵火案后，塞南协助康托实施逮捕行动；然而，康纳暴力谋杀了坎托并逃跑了。治愈联盟发起了一项计划，将抵抗者从他们的监禁中解放出来。抵抗者走上街头，杀害和感染新的受害者，并造成大规模混乱。爱尔兰军队部队已部署。塞南找到了艾比，艾比正疯狂地试图从学校接回希里安。塞南救了希里安，但遭到康纳的野蛮殴打。一名士兵向康纳开枪，但他逃脱了。塞南、艾比和希里安回到家，但希里安被咬伤并被感染。塞南知道自己已经免疫，他带走了希里安，并告诉艾比，在另一种疫苗问世之前，他会保证他的安全。
一段时间后，新闻广播宣布秩序已恢复，但目前仍有 8000 名新感染者被关押。公告期间，可以看到Conor（作为治愈联盟的声音）的宣传海报。据报道，一些感染者现在正在躲藏，因为政府再次讨论对 25% 的耐药者实施安乐死。塞南与受感染的希里安一起躲藏起来。