在本格拉丛林里，传说藏着三个分别用金、银、玉制作的神圣骷髅，将它们合为一体便可激发神奇的力量，从而统治世界。正因为如此，本格拉丛林吸引了来自世界各地的野心家，然而这里却藏着一个令他们闻风丧胆的人物，他就是骷髅奇侠。骷髅奇侠的真实身份是沃克尔家族，四百年前沃克尔的祖先落难于曼加勒岛，并受到土著捷嘉达族的救助。在此之后，捷嘉达族被海盗消灭，他们的神圣骷髅也流落本格拉丛林，从此世代受骷髅奇侠的守护。某天，纽约商人仙德尔·卓克斯（TreatWilliams饰）派出手下闯入本格拉丛林，而新一代的骷髅奇侠（比利·赞恩BillyZane饰）将于他们展开新一轮的正邪大战……本片根据1936年的同名漫画改编，并荣获1997年澳大利亚摄影师协会年度最佳摄影师和金三角架奖。
16 世纪初期，一名小男孩无助地目睹了自己的父亲被卡拜·盛 (Kabai Sengh) 杀害，卡拜·盛 (Kabai Sengh) 是盛氏兄弟会 (Sengh Brotherhood) 的残忍海盗头目，袭击了他们的船只。男孩跳下船，被冲上班加拉岛的岸边，当地部落成员找到了他并将他带回了他们的村庄。在那里，他被授予了骷髅戒指，发誓将一生致力于消灭海盗、贪婪、残忍和不公正，并在成年后采用了蒙面复仇者“幻影”的身份。魅影这个角色从父亲到儿子传承了四百年，让人们相信有一个不朽的人物。
1938 年，第 21 代幽灵基特·沃克 (Kit Walker) 发现奎尔在丛林中带领着一群盗墓贼。他们正在寻找图甘达头骨的埋葬地，这颗头骨赋予其拥有者巨大的破坏力。幻影拯救了他们绑架的当地男孩作为他们的向导，并俘虏了奎尔的手下，让丛林巡逻队来接他们。奎尔被发现是圣兄弟会的成员，也是杀害基特父亲的人——他的鬼魂经常出现给基特提供建议——奎尔带着骷髅逃亡并返回美国。
在纽约市，基特的大学前女友戴安娜·帕尔默是一位经常旅行的人，她的叔叔戴夫·帕尔默是《世界论坛报》的著名老板。该报一直在调查渴望权力的商人桑德·德拉克斯(Xander Drax)，他是一个以与犯罪分子打交道而闻名的阴暗人物。帕尔默发现了德拉克斯与神秘蜘蛛网符号的联系，他将其追溯到孟加拉丛林。他派戴安娜去调查，但错误地将戴安娜的旅行告诉了与德拉克斯结盟的纽约腐败警察局长。蛇蝎美人领导的德拉克斯女空贼，萨拉，劫持飞机；戴安娜被绑架并被带到他们位于孟加拉的海滨基地。丛林巡逻队队长菲利普·霍顿得知戴安娜被绑架后，幻影救了她，并从奎尔和他的手下手中逃到了他的总部——骷髅洞。
在纽约，基特打扮成平民，在《世界论坛报》上会见了大卫·帕尔默，并再次见到了戴安娜，自从几年前他突然失踪以来，戴安娜对他怀有复杂的感情。戴安娜的潜在追求者吉米·威尔斯提到他在世界历史博物馆看到了其中一个头骨，所以基特和戴安娜赶紧前往那里。德拉克斯和他的手下抓住了他们，偷走了第二个头骨并将其与第一个结合在一起，揭示了第三个头骨在安达曼海的一个未知岛屿上的位置，被称为恶魔漩涡。基特成功逃脱，并以幻影的身份在博物馆外躲避警察。与此同时，萨拉透露戴安娜是幻影的女朋友后，她带着德拉克斯、奎尔和戴安娜飞往魔鬼漩涡，却不知道幻影已经成功搭上了飞机的一个着陆浮桥。
在岛上，德拉克斯遇到了海盗卡拜·森格，他是兄弟会原领袖的直系后裔，拥有第三个头骨。森警告德拉克斯第四个头骨的存在，它控制着其他三个头骨的力量。幽灵出现并与两人战斗，卡拜·盛被鲨鱼杀死，戴安娜和萨拉合作击败了其他恶棍。德拉克斯联合了三个骷髅并利用他们的力量对抗幻影；在此过程中，羽毛笔意外被击中并解体。幻影使用第四个头骨——他自己的魔法戒指——将头骨的力量转回到他们身上，在强大的爆炸中摧毁了他们和德拉克斯。由于能量导致火山喷发，幻影带着戴安娜和萨拉险些逃脱。
回到孟加拉，戴安娜向幽灵透露，她已经弄清楚了他的秘密和双重身份。基特摘下面具，告诉她他只能向一个人透露他所有的秘密，就是他打算娶的女人，但她再次离开前往纽约。基特的父亲对儿子未能追求戴安娜感到遗憾，但表示她有一天会回到幻影丛林，而基特也会回到这里。