本片讲述少年克拉巴特与邪恶的磨坊师傅斗法的故事。由于父母双双死于瘟疫，14岁的克拉巴特（大卫•克劳斯 David Kross 饰）沦为小乞丐。接连好几天晚上，他都做了一个奇怪的梦，梦里的乌鸦召唤他去往黑昆仑的磨坊。于是他按照梦的指示到了磨坊，并被左眼蒙着一块黑色皮罩的磨坊师傅（克里斯蒂安•雷德尔 Christian Redl）收留，还结交了磨坊里的学徒们。佟达(丹尼尔•布鲁赫 Daniel Brühl 饰)作为学徒里的领班，对年纪最小的克拉巴特照顾有加，帮助他获得了磨坊师傅以及其他学徒们的认可。原来磨坊师傅是一个黑魔法师，虽然一直教授学徒们魔法，但每到新年的前一天，都会发生一件可怕的事情，而这一年佟达不幸摔死。渐渐地，克拉巴特发现了佟达死亡的真正原因，他决心以习得的魔法对抗邪恶势力…… 电影改编自德国作家奥得弗雷德•普鲁士勒的同名小说，少年克拉巴特以其勇敢与邪恶势力斗争的形象而家喻户晓。
三十年战争后，瘟疫席卷欧洲，一个名叫克拉巴特（大卫·克劳斯饰）的男孩失去了家人、食物和希望。一位老磨坊主收他为学徒。工厂里还有其他十一个男孩，克拉巴特与其中一个名叫通达（丹尼尔·布鲁尔饰）的年轻人建立了友谊。很快，克拉巴特得知师傅还向学徒们传授黑暗巫术，其中一个仪式（复活节期间）导致克拉巴特前往附近的施瓦茨科姆村游览，在那里克拉巴特遇到了一名年轻女孩并爱上了她。在那里，汤达还与其中一名女孩交谈。两人似乎都深爱着对方。后来，通达警告克拉巴特，主人绝对不能知道他女儿的名字。
有一天，通达在保护附近村庄免受士兵侵害时犯了一个错误，他的女儿的名字（沃舒拉）被告知了主人。第二天，沃舒拉出现在小溪里，已经死了。克拉巴特错误地将责任归咎于另一位学徒利什科。汤达（Tonda）成为隐士，并期待着年底的到来。喀巴特的第一个“西尔维斯特”（新年前夜）揭示了磨坊的真正恐怖。每一个西尔维斯特，必须牺牲一个男孩，这样主人才能保持年轻。因此在午夜，克拉巴特最好的朋友通达被恶意谋杀，当克拉巴特试图帮助他时，他被其他男孩阻止，他们告诉他“我们无能为力”。临死前，通达告诉克拉巴特，磨坊里还有另一个男孩可以向克拉巴特吐露心声。他还告诉克拉巴特带两袋面粉到村里。
克拉巴特对通达的死感到悲痛欲绝，但还是照他说的做了。克拉巴特将一袋袋面粉带到村庄附近的一棵树上，他再次遇到了他在保护村庄时第一次遇到的女孩。他恋爱了，但不让女孩告诉他她的名字，担心她的生命安全。相反，他称她为 Kantorka（合唱团领袖）。在复活节之夜的仪式期间，他去村子里见她，这次和一个名叫十郎的男孩一起，他似乎患有精神障碍，无法学习贸易或正确施展魔法。当朱罗告诉克拉巴特他们必须离开并返回工厂时，克拉巴特坚持他将留在坎托卡身边。十郎随后使用强大的魔法说服克拉巴特和他一起回来，这表明他实际上非常聪明和强大，甚至能够改变天气。朱罗向克拉巴特保证，他会帮助他逃离主人，并告诉他，他的女孩必须在西尔维斯特上找他才能释放他。克拉巴特告诉坎托卡她必须这样做，她同意了，并给了克拉巴特一绺头发，告诉他在适当的时候让另一个男孩把它送给她。
当克拉巴特回归时，一系列高潮事件随之展开。