索尼克在绿丘镇安顿下来之后，就急着要证明自己有能力成为一名真正的英雄。当蛋头博士带着全新的搭档纳克鲁斯，又回来寻找一块力量强大足以毁灭人类文明的翡翠的时候，他就面对了另一个严峻的考验。这次索尼克和他自己的跟班塔尔斯携手合作，一起踏上一场环游世界的冒险旅程，希望能在那块翡翠落入坏人手中之前先找到它。
击败机器人博士大约八个月后，索尼克试图以 治安英雄的身份帮助公众，但收效甚微。汤姆建议索尼克保持耐心，等待他和麦蒂前往夏威夷参加瑞秋婚礼之前需要他的力量的那一天。
索尼克打算独自在家玩耍，但却遭到了机器人尼克的攻击，后者在强大的拟人针鼹纳克尔斯的帮助下逃离了蘑菇星球。为了纪念他的祖先，纳克鲁斯要求找到传说中的翡翠大师的位置，这是一件古老的遗物，赋予其使用者巨大的力量和按照自己的意愿改变现实的能力。
索尼克被迈尔斯“尾巴”普罗尔救了，他是一只拟人化的双尾狐狸，崇拜他，并警告他有关纳克鲁斯的事情。索尼克说服塔尔斯帮助他找到祖母绿大师，而机器人尼克则与他的助手斯通重聚，并密谋偷走祖母绿，主动提出帮助纳克鲁斯。与此同时，索尼克和塔尔斯追踪西伯利亚人的线索在送索尼克去地球之前，长爪给了他一张地图上的洞穴，他们在一座寺庙里发现了一个指南针。机器人尼克和纳克鲁斯跟踪他们，并将索尼克和塔尔斯追下山。纳克鲁斯透露，在索尼克失去长爪的同一天，他失去了父亲和整个部落。尽管有短暂的同情，纳克鲁斯和机器人尼克还是偷走了指南针，尽管当纳克鲁斯嘲笑索尼克选择拯救受伤且昏迷的塔尔斯而不是指南针时，纳克鲁斯开始质疑机器人尼克的忠诚和荣誉感。
汤姆用戒指将索尼克和塔尔斯传送到婚礼现场，救了他们。雷切尔的未婚夫兰德尔和他的婚礼嘉宾揭露了自己是卫报国家单位的卧底特工，并逮捕了索尼克、塔尔斯和汤姆，然后他们被麦迪和复仇心重的雷切尔救了出来，雷切尔与兰德尔和解。与此同时，机器人尼克和纳克鲁斯发现了一座水下神庙，里面有翡翠大师。
索尼克将塔尔斯的受伤归咎于自己，决定独自面对机器人和纳克鲁斯，并前往圣殿，在那里他与纳克鲁斯战斗，以阻止他夺走翡翠大师。机器人尼克将此视为一个机会，利用分散注意力的机会抓住了祖母绿并将自己与祖母绿融合在一起，祖母绿爆炸并将寺庙沉入水中。由于纳克鲁斯已经毫无用处，机器人背叛了他，并把他和索尼克留在了身后等死。索尼克和纳克鲁斯齐心协力逃脱，而恢复知觉并从伤势中恢复过来的塔尔斯用双翼飞机营救了他们。
在《绿山》中，机器人尼克利用他的新能力创造了一个与他自己相似的巨型机器人。索尼克、塔尔斯和纳克鲁斯齐心协力对抗机器人及其伴随的无人机，夺回翡翠大师；然而，它破裂了，分裂成七颗混沌翡翠。汤姆和麦迪拯救了索尼克，索尼克使用混沌翡翠变身为超级索尼克。他摧毁了机器人，然后驱散了绿宝石并恢复正常。在此之后，机器人尼克被认为已经死亡，纳克鲁斯用剩余的碎片修复了翡翠大师，然后与索尼克和塔尔斯签订了保护它免受邪恶侵害的协议，他们与沃卓斯基姐妹开始了田园诗般的生活。