继上一届真人快打锦标赛的事件之后，绍康通过在外星世界举办的新真人快打锦标赛向地球王国宣战，以报复尚宗的失败。吉塔娜公主、金太郎、礼子将军和杰德率领由外星武士和阴间恶魔组成的皇帝第一波入侵部队，围攻无师寺，但被空佬和特种部队控制论增强的杰克逊·布里格斯和纽约警察局官员科蒂斯·史赛克击退。在进攻开始时，异星指挥官遇到了电影明星约翰尼·凯奇以及贾克斯的搭档索尼娅·布莱德。

由于谈判失败，约翰尼和索尼娅很快就加入了刘康和雷电的行列，绍康亲自出现，请求雷电参加最后的真人快打锦标赛，以永久决定地球王国的命运。雷神同意了，他和绍康冒险前往上古诸神的领域，提出这场终极竞赛。

与此同时，蝎子在下界重新苏醒。他遇到了因他最喜爱的仆人拳痴之死而愤怒的长老神辛诺克。辛诺克雇佣了林桂氏族，设计了蝎子进入地球领域的方法，利用嵌入在他体内的钥匙。回到地界，林鬼成员蒯良和烟被大师召唤去追捕蝎子。他们惊恐地看到失踪的同龄人接受了控制论生物改造，以此作为增强氏族的手段，而后辈们预计也会这样做。梁和斯莫叛乱，梁是唯一成功逃跑的人。随后，梁采用了已故兄弟的代号“Sub-Zero”。

回到无师庙，雷电在安排举行并参加比赛并放弃不朽之后回到了他的部队。当 Earthrealm 战士们前往外星世界时，蝎子让雷电知道了他的存在。他提到辛诺克监狱的钥匙已经与他的灵魂结合在一起，并向雷电寻求有关其用途的建议。雷电告诉他，这是一把被称为“Kamidogu”的无尽力量的钥匙，这是一个来自过去时代的至高魔法遗物，可能会毁灭所有领域。

比赛开始时，Cage 被Kytinn战士D'Vorah击败；索尼娅击败德沃拉和李梅；康击败玉；史赛克击败巴拉卡；贾克斯将金太郎的手臂从窝里扯下来，打败了金太郎。

回到地球后，蝎子号正在码头边的造船厂中被西拉克斯和塞克托追击。三人组很快就被零下打断了，但即使是他也被他们的卓越增强和控制论烟雾的到来所击败。在敌人被压垮的情况下，三名网络林鬼抓住了地狱之种的猎物，并逃往元素神殿。到达目的地后，他们强迫半藏打开指定的传送门。当他们准备在进入大门后消灭他时，他们再次被复仇心切的零号打断。蝎子未能就误杀自己兄弟的蒯良予以安慰，但同意与零号氏族结成临时联盟。尽管他们付出了努力，林鬼人还是取回了上土宫，当山崩塌压在他们身上时，两人都死了。

随着决赛下半场的进行，老挝和史赛克分别被绍康和尚宗杀死。吉塔娜没有与雷电战斗，而是反抗她的继父，结果被打败。康不顾一切挫败尚宗并饶了他。

在阴间，林桂人意识到他们的雇主是辛诺克，并得知他计划复活独一存在并终结所有造物，但为时已晚。随后，他们因其服务而遭到背叛和杀害。

在锦标赛的最后阶段，雷电在与绍康的战斗中失败后死亡，激怒了康，击败了皇帝并赢得了锦标赛。然而，随着辛诺克最终成功复活独一存在并融合自己，庆祝活动被打断。在上古之神的帮助下，零号、蝎子和刘康参与战斗并杀死了辛诺克，而约翰尼、贾克斯、基塔纳和索尼娅则保护平民免受卡恩剩余军队的伤害。

之后，康吸收了独一存在的力量，并将诸域恢复到原来的状态，包括伊甸园。索尼娅和约翰尼亲吻，而刘和吉塔娜在来之不易的和平中牵着手，没有意识到雷电因不朽而复活。