故事发生在二千多年前的战国时期，秦始皇统一六国损兵达百万计，项燕兵败阵亡，少羽被困，高渐离、雪女、大铁锤赶来相救。兵败后，盖聂、墨家、项氏一族踏上逃亡之路。李斯进入儒家后，拜访先师荀子，荀子避而不见。同入儒家的少羽尊从法理少年老成，端木蓉由于被白凤所伤终日不醒，张良授计让天明与其对弈救木蓉。星魂对清秀的月儿产生浓厚兴趣反遭冷眼警告，月神把月儿带到东皇太一面前，东皇向她公布了自已的真实身世。少羽与天明观海时得知秦始皇要登临东海尽头的那座城市，暮色归途中又遇见流泪的石兰，交谈中少羽知道杀父仇人蒙恬来了，他该怎么办......
《秦时明月之诸子百家》是由杭州玄机科技信息技术有限公司制作，沈磊、蒋可配音，沈乐平执导的历史战争动画，于2010年5月11日在中国大陆首播，共34集。[1][2]
该动画为《秦时明月》系列的第三部作品，是第二部《秦时明月贰夜尽天明》的延续，讲述了诸子百家对抗强秦的艰难征程的故事。
以下剧情梗概出自官网，但仅供参考，实际剧情以片中上映为准。）
公元前222年，秦发兵六十万攻楚，楚军节节败退。乱军之中，日后的名将之星蒙恬（蒙武之子）与未来的西楚霸王少羽第一次在沙场相遇。
楚军寡不敌众，情况危急万分，少年霸王与帝国将星的初次交锋，胜负难测……
两年之后，秦灭六国，统一中国，秦始皇成为中国历史上第一位皇帝。然而，乱世并未结束，一股强大的力量正在为颠覆大秦而崛起。
墨家、儒家、道家、法家、兵家、纵横家、阴阳家、农家、名家等，历史上称之为诸子百家。他们有的集结六国残余势力，为推翻帝国保证伺机而动；有的追随帝国主人的脚步，希望在这片大地上创立一个宇内光耀千秋万代的辉煌国度；亦有的借帝国的庞大势力，逐步实现自己不为人知的目的……
如今，天下反秦势力最后的堡垒——墨家机关城，正遭遇三百年来最大的一次危机……
盗跖虽然成功脱出，赶往求援，却被一神秘少女拦住去路。与此同时，墨家巨子率领各家英雄在赶往机关城途中，也遭到了阴阳家高手出其不意的暗袭。
机关城中，身中剑伤的盖聂挥剑斩向身后……
十年后，纵与横再次交锋，鬼谷的宿命之战，终将在此有一个了结！
墨家机关城会否就此陷落？墨家众人的命运将何去何从？
天明的面前究竟还有多少荆棘之路在等待着他？
被阴阳家虏去的高月又会有何遭遇？
要以孤家寡人对抗诸子百家，嬴政能有几分胜算？
在这动荡的乱世中，谁才能成为真正的王者？
……
我们的故事，这仅只是开始！