今年，大学新鲜人泽木惣右卫门直保（坂口大助 配音）进入农业大学农学部，开始了全新的大学生活。其貌不扬的直保有一个天大的秘密，他能够看见存在于空气中的“菌”，甚至能够徒手抓住菌以及与其对话，这样的超能力对于农业专业的直保来说，无疑是如虎添翼，但是，麻烦也随之而来。
作为直保的亲梅竹马，直保的秘密无疑为家中经营酿酒行业的结城萤（斋贺观月 配音）创造了不少的便利。同时，外表意外老成的学长美里熏（小西克幸）和各方面都圆滚滚的川滨拓马（杉山纪彰 配音）都对直保产生了浓厚的兴趣。在崭新的校园里，直保和各式各样的菌在一起的生活就这样开始了。
种子曲店的二儿子泽木直康拥有看到细菌和病毒并与之交流的神秘能力。直康和他儿时的朋友结城萤一起进入某所农业大学，他祖父的朋友五月启三是这所大学的教授。研究生长谷川遥、研修班学生武藤葵、二年级学生美里薰、因酿制私酒失败而负债累累的川滨琢磨、一年级学生及川机缘巧合之下，他们参加了研讨会，加上叶月，他们卷入了各种与细菌和病毒有关的风波之中。