时光飞逝，当年的小飞侠彼得·潘（RobinWilliams罗宾·威廉姆斯饰）已长大成人，成为一名出色能干的律师。他与儿时的女伴温蒂（玛吉·史密斯MaggieSmith饰）的孙女结婚，并育有两个可爱的孩子。一家人在现实世界中幸福温馨，其乐融融。此时的彼得已忘记了自己小飞侠的身份，以及曾在梦幻岛上那惊险和快乐的时光。在带着妻儿探望祖母的路上，邪恶的铁钩船长（DustinHoffman达斯汀•霍夫曼饰）竟然再次出现，并虏去了他们的孩子。焦急的彼得手足无措，为了拯救孩子，他必须尽快找回小飞侠的身份，回到梦幻岛与宿敌决一雌雄……
尽管成功的旧金山 公司律师彼得·班宁 (Peter Banning) 深爱着他的妻子莫伊拉 (Moira) 以及他们的孩子杰克 (Jack) 和玛吉 (Maggie)，但他的工作狂生活方式已经开始使他与家人的关系变得紧张。在承诺至少参加杰克的一场棒球比赛但错过了整个赛季后，彼得与失望的家人飞往伦敦看望莫伊拉的祖母温迪·达林。在伦敦，彼得、莫伊拉和温迪参加了在大奥蒙德街医院为温迪举办的慈善晚宴，把孩子们留给了温迪的老朋友图尔斯。和管家丽莎。回来后，他们发现房子被盗了，孩子们失踪了，还有一张由詹姆斯·胡克船长签署的赎金字条。彼得牵涉到当局，但他们无能为力，温蒂坚持认为只有他才能拯救杰克和玛吉，因为他真的是彼得潘；彼得拒绝相信她。
后来，在托儿所里，他遇到了小叮当，小叮当把他带到了梦幻岛。她把彼得扔进胡克的海盗天堂，在那里他向斯米和胡克展示了自己的身份。胡克惊讶地发现彼得变得如此虚弱和苍老，他挑战他飞翔并营救他的孩子，并准备在他失败时处决他。小叮当介入并说服胡克释放彼得，并承诺在接下来的三天内训练他进行战斗，并为他提供他想要的战斗。然后彼得被带到迷失男孩的藏身处，现在由鲁菲奥领导。男孩们嘲笑彼得，但最终认出了并训练他，鼓励他利用想象力来帮助恢复记忆和能力。一个名叫 Thud Butt 的男孩给了彼得一袋旧的弹珠，这些弹珠属于前迷失男孩图特尔 (Lost Boy Tootles)。
与此同时，胡克感叹自己无法对彼得进行真正的报复，直到斯密建议他们操纵班宁家的孩子们改变立场。玛吉的计划失败了，但杰克却因彼得一再食言而动摇。在一次窃取胡克同名假肢的训练挑战中，彼得目睹了杰克参加胡克安排的棒球比赛。彼得看到杰克将胡克视为父亲般的形象，感到很沮丧，他带着新的决心回到迷失男孩的营地。看到自己的影子独立移动后，彼得跟随它，发现了温蒂和她的兄弟曾经住过的原始树屋。在里面，小叮当帮助彼得回忆起 1900 年代初婴儿时期的他是如何迷失的，被她带到梦幻岛，经历了许多冒险，并第一次见到了亲爱的。他还回忆起达林夫妇返回伦敦后经常去看望温迪，直到温迪年纪太大而无法回去。尽管心碎，彼得却爱上了温迪的孙女莫伊拉，并由于渴望成为一名父亲而选择留下来。他被班宁一家收养，但代价是失去了记忆。
回忆起杰克的出生，一种强烈而快乐的想法让彼得恢复了飞行能力，让他重新变回了彼得·潘。鲁菲奥将剑移交给彼得以表敬意，迷失男孩们则庆祝。那天晚上，小叮当用一个吻表达了她对彼得的爱。然而，彼得仍然选择了他的家庭，并表达了他对莫伊拉的爱。尽管因被拒绝而心碎，小叮当还是接受了这一点，并鼓励他去拯救他的孩子们。
第二天，彼得和迷失的男孩们与胡克和他的海盗们战斗。胡克的船员最终投降，但鲁菲奥与胡克决斗并被刺死。鲁菲奥临终前告诉彼得，他希望有一个像他这样的父亲。杰克目睹了这一幕，醒悟过来并与彼得和解。在随后的战斗中，彼得击败了胡克，胡克被鳄鱼标本 剥制而成的复活尸体吞噬。小叮当带杰克和玛吉回到伦敦，彼得任命萨德·巴特为他的继任者。
彼得在肯辛顿花园醒来。小叮当出现并在离开前泪流满面地向彼得告别。彼得在温迪家与家人团聚，决定花更多时间陪伴他们。他还归还了图尔斯的弹珠袋。图尔斯高兴地把仙尘撒在身上，然后飞走了。当一家人看着图图回到梦幻岛时，温蒂对彼得说，他的冒险真的结束了；彼得反驳说“活着将是一场非常大的冒险”。