一直致力于学术研究的卡森（诺亚·怀尔 Noah Wyle 饰）拥有22张学位证书和几乎为零的社会经验，某天，首都公共图书馆向他投来了橄榄枝，替他准备了一个充满了神秘气息的职位。通过了重重的面试，卡森终于知道了这份工作的真相——保护图书馆内无人知晓的珍贵文物，其中就有传说中的命运之矛。
在传说中，命运之矛拥有着改变世界的神奇能力，它被分成了三份由不同的三人保管，而卡森所见到的，正是这其中的三分之一。不幸的是，邪恶的兄弟会偷走了命运之矛，为了阻止他们的罪恶勾当，卡森和同事妮可尔（索尼亚·瓦格尔 Sonya Walger 饰）一同踏上了充满了危险与未知的寻宝之旅。
弗林·卡森（诺亚·怀尔饰）是一名30 多岁的永久大学生，拥有 22 个学位，[1]被他的教授哈里斯（马里奥·伊万·马丁内斯饰）踢出大学，哈里斯安排弗林在期中获得第 23 个学位。他们刚刚完成了 1/20 比例的大金字塔模型，并配有黄金顶石。他需要几个月的时间才能报名参加另一个课程。他告诉不知道同学名字的弗林，他缺乏现实生活经验，需要看看大学之外的生活。弗林的母亲玛吉（奥林匹亚·杜卡基斯饰）也说了同样的话。她一直担心儿子，并鼓励他找到工作，找个妻子，过上幸福的生活。
弗林收到一份神秘而神奇的邀请，前往大都会公共图书馆面试“一个享有声望的职位”。在他与毫无幽默感的图书馆管理员夏琳（简·科廷饰）进行了奇怪但成功的采访之后不久，并从一个虚幻的声音中提出了一个至关重要的问题，之后不久，声音的主人贾德森（鲍勃·纽哈特饰）向他展示了真正的图书馆。图书馆员的职位已经存在了数千年。他的职责是保护存储在远低于“真实”图书馆的巨大秘密空间中的历史物品和魔法物品。弗林负责的物品包括潘多拉魔盒、特斯拉的死亡射线、圣杯、迈达斯国王的变异尸体、约柜、金羊毛、活生生的独角兽、下金蛋的鹅、神剑、原版《蒙娜丽莎》（片中卢浮宫版本是复制品）、原版“小男孩”原型原子弹、一枚工作喷气背包、阿里巴巴的飞毯和命运之矛。
当命运之矛的三个部分之一被一个名为蛇兄弟会的邪教偷走时，弗林发现这项工作的意义超出了他的预期，该邪教的领导者是前图书管理员王尔德（凯尔·麦克拉克伦饰），他伪造了自己的死亡。（观众立即得知王尔德的参与。）贾德森解释说，谁拥有完整的命运之矛，谁就将控制整个世界的命运（影片中说“希特勒只有一根”命运之矛的碎片）。弗林是地球上唯一一个能够找到剩余两块碎片并阻止蛇兄弟会拥有这三块碎片的人。他前往亚马逊丛林，只带了两个工具：他的头脑和一本用一种以前未翻译的语言写成的书，这种语言被称为“鸟类的语言”。
在飞机上，弗林遭到蛇兄弟会成员的伏击，一名妇女救了他，并将他从半空中赶出了飞机。当他们着陆后，他发现他的救援者妮可·努恩（索尼娅·瓦尔格饰）是贾德森派来的。她在图书馆工作，职责后来被定义为监护人。她爱上了最后一位图书管理员，并为他的死而自责。她抵制对弗林的任何友好感情。两人穿越亚马逊雨林，遭遇瀑布、猎头、桥梁塌陷和玛雅人凭借弗林渊博的知识和妮可的体能，他们毫不费力地逃脱了死亡陷阱。他们取回了第二根长矛，并立即被兄弟会和王尔德抓住，当弗林走到她面前时，王尔德正要射杀妮可。他做了一笔交易，以找到最后一根矛来换取妮可的生命。他们前往喜马拉雅山的香格里拉。
在香格里拉，他们得知自己的到来已被预言。弗林取回了最后一根矛，即剑刃，神庙开始倒塌。僧侣们与蛇兄弟会战斗，弗林和妮可乘坐直升机逃脱，他利用书本知识驾驶直升机，飞行方式有些不稳定。他们到达一家酒店，妮可点了香槟，并询问弗林是否读过很多有关做爱的书籍。第二天早上弗林醒来，发现妮可、矛刃和衣服都不见了。贾德森通过酒店大堂的电视与他联系，当他描述将矛部件连接在一起所需的条件时——一个金帽石头金字塔，在满月期间通过强大的电磁场增强——弗林意识到哈里斯教授是参与该计划。他告诉贾德森给海军陆战队打电话，他要回家了。
贾德森在重建金字塔的大学大楼外遇见了他，当弗林询问海军陆战队在哪里时，贾德森亮出了纹身并回答“ Semper Fi”！” 他们看着包括哈里斯在内的蛇兄弟聚集在一起，观看王尔德召唤远古力量并将长矛合二为一。妮可是他们的囚犯。贾德森打败一名追随者后，他对弗林说：“你知道，我也曾是一名图书管理员。” 王尔德刺伤了一名手下，通过长矛吸收了他的生命力，然后向妮可发起进攻。弗林抓住了他并释放了妮可。妮可和贾德森对抗兄弟会，而弗林则跟踪王尔德，王尔德试图杀死他。当长矛击中石头时，金字塔就会震动。意识到发生了什么后，弗林带领王尔德损坏了支撑石，破坏了不稳定的平衡结构。然后顶石落到王尔德身上，杀死了他。贾德森和妮可站在一个满是昏迷不醒的人的房间里。弗林以图书馆的名义收回了长矛，并将其陈列在神剑附近。弗林从石头中拔出剑。贾德森和夏琳向他展示了图书馆员画廊中最新的肖像：手持长矛的弗林。“我希望你保存了收据，”夏琳说。
三个月后，弗林在一家咖啡馆与他的母亲谈论他在公共图书馆的新工作和他的女朋友妮可，妮可突然骑着摩托车到达并亲吻了弗林，后者将她介绍给了他的母亲。妮可告诉他，“致命蝎子联盟”已经拿到了HG 威尔斯的时间机器（