岁月不饶人，长期以来守护高谭市的布鲁斯·韦恩也逃不过时间的无情魔掌，逐渐步入迟暮之年，而他的死对头小丑决定趁此大好时机准备大闹高谭市。但新任蝙蝠侠泰瑞早已作好万全准备，就等著他自投罗网；在了解前任蝙蝠侠布鲁斯和小丑最后一次对决的情况后，泰瑞更决心要为良师讨回公道，将小丑永远赶出高谭市！面对诡计多端的邪恶匪徒，新上任的超级英雄即将大展伸手，带给忠实影迷不一样的蝙蝠侠。
小丑团伙的新派系——由邦克、沃夫、食尸鬼、查科和迪迪双胞胎组成——试图窃取高科技电子设备，但被原蝙蝠侠的门生蝙蝠侠（特里·麦金尼斯饰）拦截，布鲁斯·韦恩。该团伙向他们的首领报告，发现他就是小丑，他是布鲁斯的宿敌，在他多年前被推定死亡后神秘地重新出现。小丑因为反抗和恐吓其他成员而杀死了邦克。
后来，小丑袭击了纪念布鲁斯重返韦恩企业的新闻发布会，小丑向布鲁斯透露了自己的身份，布鲁斯坚持认为这不可能是他，尽管有相反的证据。击退袭击后，特里向布鲁斯和哥谭市警察局局长、前蝙蝠女芭芭拉·戈登索要信息，但两人都没有给他答案。布鲁斯不想让特里面对小丑，于是命令他归还蝙蝠衣，这样他就可以在年龄有限的情况下独自调查他的宿敌。然而，小丑袭击了特里，差点杀死了他的女朋友丹娜·谭，而小丑则毒害了布鲁斯和他的大丹犬，艾斯——透露他知道布鲁斯是蝙蝠侠，而特里是他的继任者。
特里用解毒剂救了布鲁斯的命后，芭芭拉终于解释了小丑的失踪；四十年前，夜翼（迪克·格雷森饰）从哥谭市前往布鲁德黑文后的某个时候，小丑和哈莉·奎因绑架了他的继任者蒂姆·德雷克，然后是罗宾，当时他正在巡逻，在他的监狱里对他进行了三周的酷刑和洗脑。废弃的阿卡姆疯人院了解蝙蝠侠的秘密。当蝙蝠侠和蝙蝠女找到蒂姆时，他被小丑的化学物质改变，变成了他的缩小版。随后发生了一场战斗，蒂姆在战斗中勃然大怒并杀死了小丑，他的精神彻底崩溃了，而哈雷则掉下峡谷并被推定死亡。一年后，蒂姆在韦恩家族朋友莱斯利·汤普金斯的帮助下康复，布鲁斯将蒂姆的磨难归咎于自己，迫使他退休。蒂姆与布鲁斯断绝关系，并离开布鲁斯独自生活。
特里拜访蒂姆，蒂姆对自己作为罗宾的过去表示痛苦，但否认参与了小丑的回归。特里的下一个嫌疑人是韦恩企业高管乔丹·普赖斯，他憎恨布鲁斯毁了他接管韦恩企业的机会，但他只发现普赖斯犯有与小丑合谋杀死布鲁斯的罪。当定向能武器的光束普莱斯的游艇从上方被击中，特里救了普莱斯，然后将他交给了警察。在蝙蝠洞中，特里意识到小丑只毁掉了罗宾的服装后，回忆起蒂姆对他以前的角色的怨恨，并推断他一定参与其中。特里和布鲁斯将蒂姆作为电信工程师的专业知识与小丑的盗窃行为进行交叉参考，特里和布鲁斯发现被盗的设备可以创建一个干扰系统来夺取对激光武装军用卫星的控制权。
当特里去面对蒂姆时，他触发了小丑设置的陷阱，在卫星的进一步攻击中幸存下来后，他跟随小丑来到了一家废弃的糖果工厂。在艾斯的帮助下，特里制服了小丑，并与小丑对峙，小丑幸灾乐祸地将自己编码到隐藏在蒂姆耳后的用基因技术构建的微芯片中，从而使他能够超越蒂姆的身体而幸免于难。小丑计划利用卫星杀死布鲁斯和特里的亲人，然后摧毁哥谭市。在他们战斗时，特里使用小丑的欢乐蜂鸣器摧毁了武器和微芯片，拯救了城市并释放了蒂姆，小丑最终迎来了他的终结。
小丑被捕后，芭芭拉隐瞒了蒂姆无意中的参与，以保护他，小丑在工厂爆炸中被宣布死亡，而迪迪双胞胎则被他们的祖母——年长的哈莉·奎恩救了出来，她从坠落中幸存下来并改过自新。蒂姆在医院康复期间，布鲁斯向蒂姆和芭芭拉赔罪，在此期间布鲁斯和蒂姆承认特里值得继承蝙蝠的衣钵。