本片讲述的是蝙蝠侠（罗杰·克雷格·史密斯 配音）以及罗宾联合正义联盟成员闪电侠以及绿箭侠一起对抗被称为Animilitia的犯罪组织。该犯罪组织都是由一些动物性的成员组成，包括银背大猩猩、猎豹女、杀手鳄鱼等，他们在高谭市作恶多端，一般警察对他们束手无策。而且该组织背后的主谋却指向蝙蝠侠的宿敌，同时也是高谭市叱吒风云的黑道大亨企鹅人（Dana Snyder 配音）。除了Animilitia组织，蝙蝠侠他们这次还要面对奥斯瓦德公司的商人新发明的邪恶网络动物机器人，一群犯罪恶势力再次聚集在高谭市。
哥谭市正受到一群与动物有关的恶棍的攻击，他们使用动物机器人协助他们犯罪。该组织自称为“动物界”，由企鹅、猎豹、人蝙蝠、杀手鳄鱼和它们的首领、一只名叫银背的大猩猩组成。在挫败了该组织企图实施的各种犯罪行为后，蝙蝠侠发现所有的动物犯罪行为都围绕着哥谭市最新最高的建筑——企鹅人建造的鸟舍形成了一个完美的圆圈。
那天晚上，布鲁斯参加了鸟舍的一场活动，奥斯瓦尔德·科布尔波特在那里开始了一场关于“Bumbershoot Mechanics”（机器人制造公司）的讲座。他介绍了机器人的设计师柯克·兰斯特罗姆博士。蝙蝠侠在兰斯特罗姆身上安装了一个微型追踪装置。回到蝙蝠洞，蝙蝠侠推断下一次动物犯罪将发生在哥谭动物园。
动物界闯入动物园，蝙蝠人听到蝙蝠侠、红罗宾、夜翼、绿箭侠和闪电侠来追捕他们。机器人动物再次出现，英雄们试图将它们打倒。绿箭侠从隧道中射出一箭射出蝙蝠，夜翼用起重机用大梁压碎狼，闪电侠诱骗老虎滑入建筑物并打破。他们将机器人带到蝙蝠洞进行分析，但他们需要兰斯特罗姆来破解它们。他们还发现这些动物在最后三个犯罪现场留下了一些东西，而不是拿走了一些东西。他们使用跟踪装置在 Bumbershoot Mechanics 找到了 Langstrom。蝙蝠侠让红罗宾留下来分析机器人，闪电侠则发现他们留下了什么。
在 Bumbershoot，英雄们遭到了 Animalitia 的攻击。在与人蝙蝠战斗时，蝙蝠侠看到了他身上的追踪器，这意味着兰斯特罗姆就是人蝙蝠。蝙蝠侠用声波装置击晕了他，他们给了他血清，让他恢复到人类形态。兰斯特罗姆透露，企鹅公司指派他建造机器人来执行回收任务。一颗名为“迈达斯之心”的小行星正在掠过地球，恶棍们想让“迈达斯之心”落入哥谭市，这样他们就可以得到其中心的黄金。兰斯特罗姆在血清消失后恢复为人蝙蝠，但在给蝙蝠侠和闪电侠一个发射器之前，他们可以用它来创建一个力场，以保护哥谭免受迈达斯之心的影响。
蝙蝠侠让红罗宾上传一个错误，将机器人恢复到英雄身边。企鹅乘坐逃生舱起飞，把动物们抛在身后。英雄们用机器人消灭了恶棍。红罗宾和蝙蝠出现，帮助恢复迈达斯之心。闪电侠和夜翼收集机器人零件，并使用银背作为动力源。由于无法扭转迈达斯之心，蝙蝠侠让闪电侠将发电机移至哥谭市外，而蝙蝠人则将机器人部件带到城市上空，形成力场以确保哥谭市的安全。迈达斯之心撞入力场，哥谭安然