故事发生在风景秀丽的密西西比河畔，汤姆（乔纳森·泰勒·托马斯 Jonathan Taylor Thomas 饰）自幼丧母，是一个身世可怜的孤儿。然而，在朋友和亲戚们的帮助和扶持下，汤姆还是成长为了一个快乐勇敢的男孩。哈克贝利（布拉德·兰弗洛 Brad Renfro 饰）是汤姆最好的朋友，两个孩子在一起，常常惹出各种各样的麻烦，闹了数不清的笑话。 一次偶然中，汤姆竟然成为了一宗凶杀案的目击证人，由于害怕遭到凶手的报复，汤姆和哈克贝利决定离家出走，踏上逃亡的旅途。汤姆的失踪让亲人倍感焦急，可他却在孤岛上开辟了自己的小天地，过得逍遥快活。最终，在案件即将审判之时，汤姆站了出来说出了真相，帮助法官做出了公正的判决。
在一个漆黑的暴风雨之夜，印第安·乔去见乔纳斯·罗宾逊医生，处理一些不正当的事情。与此同时，一个名叫汤姆·索亚的小男孩和他的朋友们离家出走，成为了汽船船员。最终失败，他们的木筏撞上了密西西比河的一块岩石，把汤姆扔进水里。他的朋友们发现他被冲上了岸，汤姆发现是哈克·芬把他带到了安全的地方。后来汤姆遇见了哈克，发现了一种不寻常的去除疣的方法——晚上把一只死猫带到墓地。在那里，他们目睹了印第安·乔和小镇醉汉莫夫·波特为罗宾逊医生挖掘维克·“独眼”·默雷尔的坟墓。发现了一张藏宝图，博士袭击了莫夫和印第安·乔，试图将其据为己有。多克设法击倒了莫夫，但印第安乔反击，用莫夫的刀刺死了多克。
第二天早上，莫夫被指控犯有谋杀罪。汤姆和哈克签署了一份誓言，表示如果他们中的任何一个站出来揭露这件事，他们就会死去并腐烂。男孩们开始寻找印第安·乔拥有的藏宝图，这样他们就可以在坚守誓言的同时宣布莫夫无罪。然而，最终，乔找到了丢失的宝藏，并要求他的搭档将宝藏藏在山洞里，然后烧掉地图。随着证明莫夫清白的唯一证据被毁，汤姆和哈克的友谊开始下降，哈克最终离开了汉尼拔。乔随后发现汤姆是犯罪的目击者。他找到了汤姆，并威胁说，如果他告诉任何人这起谋杀案，他就会杀了他。
在莫夫·波特的审判中，汤姆认为他与莫夫的友谊比他与哈克的誓言更重要，并揭露了真相。愤怒的印第安·乔在离开汉尼拔之前试图杀死汤姆，但没有成功。镇上的人们因汤姆的勇敢而宣布他为英雄，并计划举办一个节日来纪念这一时刻。然而，汤姆知道乔正在追捕他，因此拒绝参加。有一天晚上，哈克偷偷溜进汤姆的卧室，批评汤姆在再次离开小镇之前违反了誓言。
节日期间的第二天，包括汤姆和他的爱人贝基·撒切尔在内的一群孩子进入洞穴，汤姆和贝基迷路了。与此同时，警长提醒法官乔最终杀死了他的一名搭档。秘密参加节日的哈克无意中听到了这一切，并开始追捕汤姆。他们最终在麦克杜格尔洞穴中偶然发现了印第安·乔。他困住了他们，但汤姆和贝基设法逃脱。汤姆后来发现了乔藏宝藏的地方。然后他在山洞里找到了一个开口，并要求贝基去找她的父亲。
印第安乔最终找到了汤姆并试图杀死他，然后哈克突然出现。经过短暂的挣扎，印第安·乔轻松制服了哈克。正当乔准备给予最后一击时，汤姆悄悄倒空了宝箱中的物品，并通过将宝箱扔到深渊来威胁乔。印第安·乔随后试图从汤姆手中夺回箱子，结果却掉进了深渊而死。男孩们在夺取乔的宝藏后和解，并被人民宣布为英雄。汤姆在报纸头版受到赞扬，寡妇道格拉斯收养了哈克·芬。