两年前的小镇，外星猎者一举歼灭逃亡地球的小魔怪，两年后幸存的一批魔蛋，却被不知情的镇民作成复活节蛋。阳光下小魔种纷纷破壳而出，张口便吃人狗牲畜，小镇变成血腥遍地，恍如鬼域。这回，外星猎者会再援救他们，还是阵毁人亡，从此再地图上消失？
在太空中的一个荒凉星球上，变形赏金猎人乌格和李以及他们的人类同伴查理·麦克法登寻找一种邪恶的蠕虫状生物。杀死野兽后，他们离开了星球。不久之后，他们接到了高级议会主席赞蒂的新任务。他告诉他们小动物仍然在地球上并且必须被消灭。这样，他们就设定了前往地球的航线。乌格注意到查理沉思，询问发生了什么事。查理表示他不愿意在两年后回去，并担心地问他们是否会把他留在那里。乌格向他保证他们没有这样的意图。
回到地球后，现年 15 岁的布拉德·布朗 (Brad Brown) 正在格罗弗弯 (Grover's Bend) 探望他的祖母，消息很快传遍了全镇，这意味着他在第一部电影的事件后变得家喻户晓。赏金猎人到达后不久，小动物袭击了一名装扮成复活节兔子的男子，并杀死了他。没有人知道是小动物袭击了他，因为他的死亡归因于一场农业事故。最终，小动物们开始对小镇进行恐怖袭击，并且数量不断增加，从而让自己出名。李被小动物杀死并吞噬，导致乌格陷入深深的抑郁并恢复到他的外星形态。
镇上剩下的人制定了一个计划。随着乌格变形为小动物，他们带领小动物们来到一家汉堡工厂，试图炸毁它们，但失败了，小动物们重新出现，聚集成一个大球，并开始前往教堂。就在他们到达目的地之前，查理驾驶乌格的宇宙飞船直接飞向他们，成功摧毁了小动物，并似乎牺牲了自己。乌格随后模仿了查理的面部特征，以纪念他的勇敢。第二天，当布拉德离开时，据透露查理是通过使用降落伞幸存下来的。他留在地球上，成为小镇的警长。乌格乘坐一艘新的宇宙飞船出发，仍然穿着查理的伪装。