水晶镇上，魔术界有一个宝物名为圣水晶遭人偷盗，却没有成功。正在这时少年禹威随着母亲回到故乡水晶镇拜访爷爷奶奶，却不想出了车祸，禹威眼睁睁看着母亲被人拉走，却不能阻止就晕了过去。再次醒来的禹威竟然发现自己已经躺在了医院，而救自己的人是一个叫程茉莉的女生。救母心切的禹威拉着程茉莉再次回到车祸现场，却发现母亲车和车祸仿佛人间蒸发了一样，一点痕迹都没留下，就像是从来没有发生过车祸一样。禹威决定去求助未曾谋面的奶奶，于是带着程茉莉去水晶镇寻找奶奶涂芳，到了禹家程茉莉和禹威才发现禹家的房子无处不透诡异，房子里的家具一直在来回走动，两人害怕不已。两人终寻得涂芳，却发现涂芳已经变成了一个孩童心性的老人。
《旋风魔术师》以年轻男孩禹威破解母亲离奇失踪之谜为开端，由此进入一家独特的魔术学院学习魔术，主要讲述了他在魔术学院学习期间不仅收获了成长还在磕磕绊绊中收获一群可爱的小伙伴，最后不仅勇敢的救回了母亲，还破解了圣水晶宝藏的秘密和自己的身世之谜的故事。
讲述的是与母亲相依为命的禹威（田川饰），在去探望外婆的路上意外遇车祸，不得不与外婆生活在一起，同时遭遇一连串的意外事件，偶然进入久负盛名的默林学院学习，并意外得知自己被圣水晶灵摆选中，未来会走上魔术师的道路。这让对魔术一窍不通的禹威来讲，很是郁闷，而让他更郁闷的是那个让他哭笑不得的丫头茉莉（卢洋洋饰）竟成为了他的助手，还为他带来了一大堆的敌人，更让他错愕的是他从未见过的父亲居然也是魔术师。通过修炼、旅行、世界魔术大赛等等事件之后，禹威通过自己的努力慢慢成长为一个优秀的魔术师，他与茉莉的误会也逐渐消除，看视一切都在往好的方向发展，然而让禹威没想到的是，一大波将会让他人生发生巨变的阴谋正在袭来……