乔阿姆斯壮(迈克尔·杜迪考夫 饰)和杰克森(史蒂夫·詹姆斯 饰)两人是美国特种部队成员，他们奉命前往加勒比海某国的美国大使馆，调查当地无故失踪的美国海军陆战队士兵下落。结果发现毒枭盖瑞康威绑架了这些士兵，并要挟一名科学家将这些士兵予以改造，并训练成暗杀忍者。乔与杰克森不只要对付毒枭，还有当地的腐败政权，他们凭着自身的超高武艺，直捣贼窝，将毒枭绳之以法。
现在，美国陆军游骑兵、乔·阿姆斯特朗和柯蒂斯·杰克逊被派往加勒比海的一个偏远岛屿，协助海军陆战队调查许多海军陆战队员的失踪事件。指挥官“狂野比尔”伍德沃德向他们介绍了情况：四名海军陆战队员被俘，但他不知道他们是谁或是什么，因为恐怖主义是不可能的。一个名叫托托的男孩是唯一的目击者，他看到两名士兵被一群黑帮殴打，然后被一群穿黑西装的男子带走。两人对视一眼，意识到自己以前也遇到过这种情况。
抵达后，查理·麦克唐纳邀请他们去滑水。汤米·泰勒带他们乘船前往红树林岛，但通过拔掉马达电源来破坏整个旅程。每个人都决定游泳，但乔开始怀疑，并想留在岸上。不久之后，他遭到忍者的袭击但被柯蒂斯救了。他们的报告被丢弃，但伍德沃德给了他们一周的时间进行调查。汤米被告知在与狮子的电话交谈中引诱阿姆斯特朗落入陷阱，并告诉乔在哪里与他见面：盲人乞丐酒吧。乔从电影一开始就受到同一群暴徒的袭击，在被忍者杀死之前，他从泰勒那里没有得到任何关于绰号“狮子”的毒贩的信息。乔和柯蒂斯通知狂野比尔，告诉他泰勒透露了狮子进行实验的地点：黑胡子岛。狂野的比尔对此表示全力支持，但在等待批准的同时，他邀请他们参加州长的舞会。他们到达后，辛格督察很快指控阿姆斯特朗杀害了泰勒。
狂野的比尔允许杰克逊和阿姆斯特朗营救一个名叫艾丽西亚·桑伯恩的女孩，因为她在看到狮子在那里后撞坏了球，被当地暴徒带走。杰克逊和阿姆斯特朗（以及查理）跟随他们进入盲人乞丐酒吧，与当地帮派战斗并逃脱。他们从舞会上捡起了狂野的比尔，并编造了阿姆斯特朗失踪的故事，以避免受到辛格的询问。阿姆斯特朗在托托的帮助下追踪艾丽西亚，但遭到忍者的袭击。他单枪匹马地把他们救了出来，然后被一辆开着卡车的托托救了出来。一名忍者设法登上了车辆，但阿姆斯特朗在阿姆斯特朗本人跳下之前让托托和艾丽西亚都跳出了车辆。车辆撞上汽油罐和建筑物，卡车爆炸并杀死了忍者。乔和艾丽西亚前往船上，而乔则给托托一条信息，让他转告狂野比尔，他们正在前往黑胡子岛的路上。由于巡逻人员在水中，他们必须等待一段时间；他们必须等到晚上才能出行。艾丽西亚告诉乔，她父亲计划通过科学突破来治愈癌症，然后伯克（狮子）购买了乔的实验室并制定了其他计划。杰克逊和其他海军陆战队员必须在基地等待大使的批准，而阿姆斯特朗目前只能独自一人。艾丽西亚告诉乔，她父亲计划通过科学突破来治愈癌症，然后伯克（狮子）购买了他的实验室并制定了其他计划。杰克逊和其他海军陆战队员必须在基地等待大使的批准，而阿姆斯特朗目前只能独自一人。艾丽西亚告诉乔，她父亲计划通过科学突破来治愈癌症，然后伯克（狮子）购买了乔的实验室并制定了其他计划。杰克逊和其他海军陆战队员必须在基地等待大使的批准，而阿姆斯特朗目前只能独自一人。
乔和艾丽西亚到达岛上并穿着忍者服装潜入实验室，而伯克正在介绍他的超级忍者计划。他们营救了桑伯恩教授，桑伯恩教授告诉乔被俘的海军陆战队员被关押在哪里。乔营救了被俘的海军陆战队员，但在试图逃跑时被抓获。所有人都面对一群忍者。乔和海军陆战队一开始最终占据了上风，但忍者最终杀死了除了两名海军陆战队员之外的所有人。海军陆战队对基地发动袭击，并透露州长和辛格督察也是伯克计划的一部分。州长被狂野比尔和他的手下逮捕，而辛格的命运未知。教授与伯克对峙，并设法用遥控炸弹摧毁了他的超级忍者程序，杀死了他们两人。
乔·阿姆斯特朗与东条健（伯克的上忍，负责训练被洗脑